Antiparos (l'ancienne Oliaros, nom probablement d'origine phénicienne) a toujours été liée à Paros voisine, dont elle est séparée par un détroit étroit et peu profond. Dès le IIIe millénaire av. J.-C., la région a connu la civilisation cycladique, tandis que la célèbre Grotte était connue et visitée dès l'Antiquité, comme en témoignent les inscriptions gravées sur ses parois.
La proche Despotiko devint un centre religieux important : là, au lieu-dit Mandra, fonctionna à l'époque archaïque (VIIe–VIe siècle av. J.-C.) un grand sanctuaire dédié à Apollon, aujourd'hui mis au jour par les fouilles — l'un des travaux archéologiques les plus importants des Cyclades.
Après les périodes romaine et byzantine, l'île passa aux Vénitiens avec le Duché de l'Archipel. Au XVIe siècle, la famille Loredan (puis les Sommaripa) fortifia Chora en construisant le célèbre Kastro, avec les maisons disposées en cercle autour d'une tour centrale, pour se protéger des fréquentes incursions pirates.
Sous la domination ottomane, Antiparos resta une petite île agricole et de pêcheurs. En 1673, l'ambassadeur français Nointel organisa la légendaire messe de Noël à l'intérieur de la Grotte, un événement qui la fit connaître en Europe et attira des voyageurs. Intégrée à l'État grec après la Révolution de 1821, Antiparos conserva son caractère paisible jusqu'aux dernières décennies, lorsque le tourisme en fit une destination cosmopolite mais discrète.