La région élargie des Petites Cyclades était déjà habitée dès le 3e millénaire av. J.-C., à l'époque de la civilisation cycladique. Sur l'île voisine de Keros et sur les îles autour de Schinoussa ont été mises au jour d'importantes découvertes ainsi que les célèbres idoles cycladiques en marbre, qui placent la région au cœur de la plus ancienne civilisation de la mer Égée.

À l'époque historique, Schinoussa, comme toutes les Petites Cyclades, s'est trouvée dans la sphère d'influence de la puissante Naxos. Elle est restée une petite île peu peuplée, exposée aux raids des pirates qui, pendant des siècles, rendaient dangereuse la vie dans les îles ouvertes de la mer Égée.

Pendant la domination franque, après 1207, l'île fut intégrée au Duché de l'Archipel des Vénitiens, dont le siège était à Naxos, puis passa plus tard sous l'Empire ottoman. En raison des raids de pirates, la population permanente est restée minime pendant de longues périodes, et le repeuplement systématique n'est venu qu'au 19e siècle, avec des familles venues d'Amorgos et de Naxos.

À l'époque moderne, Schinoussa s'est appuyée sur l'agriculture, l'élevage et la pêche, les habitants cultivant oliviers et céréales et vivant de la mer. Ces dernières décennies, un tourisme doux a apporté une nouvelle vie à l'île, sans toutefois altérer la tranquillité et l'authenticité qui restent sa principale caractéristique.