La región de las Pequeñas Cícladas estuvo habitada ya desde el III milenio a.C., en la época de la civilización cicládica. En la vecina Keros y en las islas que rodean Sjinusa han salido a la luz importantes hallazgos y los célebres ídolos de mármol cicládicos, que sitúan la región en el núcleo de la civilización más antigua del Egeo.
En época histórica, Sjinusa, como todas las Pequeñas Cícladas, quedó bajo la esfera de influencia de la poderosa Naxos. Siguió siendo una isla pequeña y escasamente poblada, expuesta a las incursiones de los piratas que durante siglos hicieron peligrosa la vida en las islas abiertas del Egeo.
Durante la Francocracia, tras 1207, la isla se integró en el Ducado del Egeo de los venecianos, con sede en Naxos, y más tarde pasó al Imperio Otomano. Debido a las incursiones piratas, la población permanente se mantuvo mínima durante largos periodos, y el repoblamiento sistemático llegó principalmente en el siglo XIX, con familias procedentes de Amorgos y Naxos.
En época más reciente, Sjinusa se sostuvo gracias a la agricultura, la ganadería y la pesca, con los habitantes cultivando olivos y cereales y viviendo del mar. En las últimas décadas, el turismo suave ha traído nueva vida a la isla, sin alterar la calma y la autenticidad que siguen siendo su rasgo principal.