Antíparos (la antigua Oliaros, nombre posiblemente de origen fenicio) ha estado siempre ligada a la vecina Paros, de la que la separa un estrecho y poco profundo canal. Ya desde el III milenio a.C. la región conoció la civilización cicládica, mientras que la famosa Cueva era conocida y visitada desde la antigüedad, como atestiguan las inscripciones grabadas en sus paredes.
La cercana Despotiko se convirtió en un importante centro religioso: allí, en el paraje de Mandra, funcionó durante el período arcaico (siglos VII–VI a.C.) un gran santuario dedicado a Apolo, que hoy revelan las excavaciones — una de las obras arqueológicas más importantes de las Cícladas.
Tras el período romano y bizantino, la isla pasó a manos de los venecianos con el Ducado del Egeo. En el siglo XVI la familia Loredano (y más tarde los Sommaripa) fortificó Chora construyendo el característico Kastro, con las casas dispuestas en círculo alrededor de una torre central, como protección frente a las frecuentes incursiones piratas.
Bajo el dominio otomano, Antíparos siguió siendo una pequeña isla agrícola y pesquera. En 1673 el embajador francés Nointel organizó la legendaria misa navideña dentro de la Cueva, hecho que la dio a conocer en Europa y atrajo a viajeros. Incorporada al estado griego tras la Revolución de 1821, Antíparos mantuvo su carácter tranquilo hasta las últimas décadas, cuando el turismo la convirtió en un destino cosmopolita pero discreto.