Koufonisia, junto con Schinousa, Iraklia, Donousa y Keros, forman el conjunto de las Pequeñas Cícladas, que siempre perteneció a la esfera de influencia de Naxos y Amorgos. La región está habitada desde las profundidades de la prehistoria, con huellas de presencia humana ya desde la época Neolítica.
La isla vecina de Keros fue uno de los centros más importantes de la Cultura Cicládica (III milenio a.C.). En Keros y en el islote vecino de Daskalio se hallaron cientos de ídolos cicládicos de mármol — entre ellos las famosas esculturas del Arpista y el Flautista, obras maestras que hoy adornan los grandes museos. También se conservan en Kato Koufonisi ruinas de un asentamiento antiguo y de época romana.
En época bizantina y medieval las islas quedaron casi completamente desiertas, ya que la piratería las hacía inhóspitas. Durante el período de la Dominación Veneciana y del Imperio Otomano sirvieron principalmente como pastizales y refugios de pescadores y piratas, bajo la dependencia de Amorgos y Naxos.
El asentamiento permanente en Koufonisia resurgió en el siglo XIX, cuando familias de pescadores se establecieron en Pano Koufonisi. La isla se convirtió en una de las comunidades pesqueras más vivas del Egeo, con la mayor flota pesquera de Grecia en proporción a su población. En las últimas décadas, sus playas exóticas la han convertido en un destino turístico popular y juvenil, sin que por ello perdiera su identidad auténtica.