Sifnos está habitada desde el Neolítico, pero conoció su gran esplendor durante el período arcaico (siglo VI a.C.), cuando se enriqueció gracias a sus minas de oro y de plata. Fue una de las islas más ricas del Egeo, con tanta riqueza que dedicó en Delfos el célebre Tesoro de los Sifnios, uno de los edificios más espléndidos del santuario.
El mito cuenta que los sifnios prometieron a Apolo una piedra de oro cada año, pero cuando dejaron de cumplir la promesa, las minas se inundaron con agua del mar y la riqueza se perdió. La ciudad antigua se encontraba en el emplazamiento del actual Kastro, mientras que la acrópolis fortificada en la colina de Agios Andreas atestigua un poblamiento ya desde época micénica.
Tras el período romano y bizantino, la isla pasó al Ducado del Egeo y más tarde a las familias Da Corogna y Gozzadini, que fortificaron el Kastro. Durante los años de dominio otomano, Sifnos conservó privilegios y floreció espiritualmente — aquí funcionó la célebre Escuela del Santo Sepulcro, una de las instituciones educativas más importantes del helenismo sometido.
Con la incorporación al Estado griego, la economía se apoyó en la cerámica, la producción agrícola y la navegación. Los alfareros sifnios («tsukaládes») viajaban por todo el Egeo vendiendo sus vasijas de arcilla. En época más reciente, Nikolaos Tselementes, nacido en Sifnos, consolidó la fama de la isla como destino gastronómico — y hoy el turismo proyecta internacionalmente la identidad auténtica de Sifnos.