Sifnos è abitata dall'epoca neolitica, ma conobbe il suo grande splendore durante il periodo arcaico (VI secolo a.C.), quando si arricchì grazie alle sue miniere d'oro e d'argento. Fu tra le isole più ricche dell'Egeo, con una ricchezza tale da dedicare a Delfi il celebre Tesoro dei Sifni, uno degli edifici più splendidi del santuario.
Il mito racconta che i Sifni promisero ad Apollo una pietra d'oro ogni anno, ma quando smisero di mantenere il voto, le miniere furono invase dal mare e la ricchezza andò perduta. L'antica città sorgeva dove oggi si trova il Kastro, mentre l'acropoli fortificata sulla collina di Agios Andreas testimonia un insediamento già dall'epoca micenea.
Dopo il periodo romano e bizantino, l'isola passò al Ducato dell'Arcipelago e in seguito alle famiglie Da Corogna e Gozzadini, che fortificarono il Kastro. Durante il dominio ottomano, Sifnos conservò privilegi e prosperò culturalmente — qui operò la rinomata Scuola del Santo Sepolcro, una delle istituzioni educative più importanti dell'ellenismo sottomesso.
Con l'annessione allo stato greco, l'economia si basò sulla ceramica, la produzione agricola e la marineria. I vasai sifnioti («tsoukaládes») viaggiavano in tutto l'Egeo vendendo i loro manufatti in argilla. In epoca più recente, Nikolaos Tselementes, nato a Sifnos, consolidò la fama dell'isola come destinazione gastronomica — e oggi il turismo mette in luce a livello internazionale l'identità autentica di Sifnos.