Antiparos (l'antica Oliaros, nome probabilmente di origine fenicia) è sempre stata legata alla vicina Paros, dalla quale è separata da uno stretto e basso canale. Già dal III millennio a.C. l'area più ampia conobbe la Civiltà Cicladica, mentre la famosa Grotta era conosciuta e visitata fin dall'antichità, come testimoniano le iscrizioni incise sulle sue pareti.
La vicina Despotiko divenne un importante centro religioso: lì, in località Mandra, funzionò durante il periodo arcaico (VII–VI secolo a.C.) un grande santuario dedicato ad Apollo, oggi riportato alla luce dagli scavi — una delle opere archeologiche più significative delle Cicladi.
Dopo il periodo romano e bizantino, l'isola passò ai Veneziani con il Ducato dell'Egeo. Nel XVI secolo la famiglia Loredan (e in seguito i Sommaripa) fortificò la Chora costruendo il caratteristico Kastro, con le case disposte in cerchio attorno a una torre centrale, a protezione dalle frequenti incursioni piratesche.
Sotto il dominio ottomano Antiparos rimase una piccola isola agricola e di pescatori. Nel 1673 l'ambasciatore francese Nointel organizzò la leggendaria messa natalizia all'interno della Grotta, evento che la rese nota in Europa e attirò viaggiatori. Incorporata nello stato greco dopo la Rivoluzione del 1821, Antiparos ha mantenuto il suo carattere tranquillo fino agli ultimi decenni, quando il turismo l'ha resa una destinazione cosmopolita ma discreta.