Антипарос (древний Олиарос, название, вероятно, финикийского происхождения) издавна был тесно связан с соседним Паросом, от которого его отделяет узкий, мелководный пролив. Уже с 3-го тысячелетия до н.э. в этом регионе процветала Кикладская цивилизация, а знаменитая Пещера была известна и посещаема ещё с античности, о чём свидетельствуют высеченные на её стенах надписи.
Близлежащий Деспотико превратился в важный религиозный центр: там, в местности Мандра, в архаическую эпоху (VII–VI вв. до н.э.) действовало крупное святилище, посвящённое Аполлону, которое сегодня раскрывают археологические раскопки — один из важнейших археологических памятников Киклад.
После римского и византийского периодов остров перешёл под власть венецианцев вместе с Герцогством Архипелага. В XVI веке семья Лорентано (а позже Соммарипа) укрепила Хору, построив характерную Кастро, с домами, расположенными по кругу вокруг центральной башни, для защиты от частых пиратских набегов.
В период османского владычества Антипарос оставался небольшим аграрным и рыбацким островом. В 1673 году французский посол Нуантель организовал легендарную рождественскую службу внутри Пещеры — событие, которое прославило остров в Европе и привлекло путешественников. Включённый в состав греческого государства после Революции 1821 года, Антипарос сохранял свой тихий характер вплоть до последних десятилетий, когда туризм превратил его в космополитичное, но сдержанное направление.