Antiparos (das antike Oliaros, ein Name vermutlich phönizischen Ursprungs) war stets eng mit dem gegenüberliegenden Paros verbunden, von dem es eine schmale, seichte Meerenge trennt. Bereits im 3. Jahrtausend v. Chr. erlebte die weitere Region die kykladische Kultur, während die berühmte Höhle bereits in der Antike bekannt und begehbar war, wie die in ihre Wände geritzten Inschriften bezeugen.
Das nahegelegene Despotiko entwickelte sich zu einem bedeutenden religiösen Zentrum: Dort, an der Stelle Mandra, bestand während der archaischen Zeit (7.–6. Jh. v. Chr.) ein großes, dem Apollon geweihtes Heiligtum, das heute durch Ausgrabungen freigelegt wird — eines der bedeutendsten archäologischen Projekte der Kykladen.
Nach der römischen und byzantinischen Zeit ging die Insel mit dem Herzogtum des Ägäischen Meeres an die Venezianer über. Im 16. Jahrhundert befestigte die Familie Loredan (später Sommaripa) Chora, indem sie das charakteristische Kastro errichtete, mit Häusern in kreisförmiger Anordnung um einen zentralen Turm, zum Schutz vor den häufigen Piratenüberfällen.
Unter osmanischer Herrschaft blieb Antiparos eine kleine Agrar- und Fischerinsel. 1673 organisierte der französische Botschafter Nointel die legendäre Weihnachtsmesse in der Höhle, ein Ereignis, das die Insel in Europa bekannt machte und Reisende anzog. Nach dem Anschluss an den griechischen Staat infolge der Revolution von 1821 bewahrte Antiparos ihren ruhigen Charakter bis in die letzten Jahrzehnte, als der Tourismus sie zu einem kosmopolitischen, aber dezenten Reiseziel machte.