Согласно мифологии, голые скалы Миконоса — это окаменевшие тела гигантов, которых убил здесь Геракл, а свое имя остров получил от мифического Миконоса, потомка Аполлона. Его расположение рядом со священным островом Делос, важнейшим религиозным центром древнего мира, определило судьбу острова с древнейших времен.
Заселенный с доисторической эпохи, Миконос прошел через карийцев и финикийцев, прежде чем здесь обосновались ионийцы. В древности остров жил в тени соседнего Делоса, снабжая и обслуживая великое святилище. Затем последовали римский и византийский периоды, оставившие остров беззащитным перед набегами пиратов.
В средневековье, после Четвертого крестового похода (1204 г.), Миконос перешел к венецианцам и вошел в состав Герцогства Архипелага, долгое время управляемого семьей Гизи. Жители, моряки и отчасти пираты, укрепили Хору. В XVI веке остров перешел под власть Османской империи, сохраняя, впрочем, значительную автономию и процветающее мореходство.
Во время Революции 1821 года Миконос предоставил свои корабли и моряков делу борьбы, а миконосская героиня Мандо Маврогенус отличилась своей отвагой и жертвенностью. После масштабных раскопок на Делосе (конец XIX в.) и особенно начиная с 1950-х годов, Миконос превратился из бедного морского острова во всемирный туристический центр — символ международного джет-сета.