Σύμφωνα με τη μυθολογία, οι γυμνοί βράχοι της Μυκόνου είναι τα απολιθωμένα σώματα των Γιγάντων που σκότωσε εδώ ο Ηρακλής, ενώ το νησί πήρε το όνομά του από τον μυθικό Μύκονο, απόγονο του Απόλλωνα. Η θέση της, δίπλα στην ιερή Δήλο, το σημαντικότερο θρησκευτικό κέντρο του αρχαίου κόσμου, καθόρισε τη μοίρα του νησιού από τα πανάρχαια χρόνια.
Κατοικημένη από την προϊστορική εποχή, η Μύκονος πέρασε από Κάρες και Φοίνικες πριν εγκατασταθούν οι Ίωνες. Στην αρχαιότητα έζησε στη σκιά της γειτονικής Δήλου, τροφοδοτώντας και εξυπηρετώντας το μεγάλο ιερό. Ρωμαϊκή και βυζαντινή περίοδος ακολούθησαν, αφήνοντας το νησί έκθετο στις επιδρομές πειρατών.
Στους μεσαιωνικούς χρόνους, μετά την Δ΄ Σταυροφορία (1204), η Μύκονος πέρασε στους Ενετούς και εντάχθηκε στο Δουκάτο του Αιγαίου, κυβερνημένη για καιρό από την οικογένεια Γκίζι. Οι κάτοικοι, ναυτικοί και εν μέρει πειρατές, οχύρωσαν τη Χώρα. Τον 16ο αιώνα το νησί πέρασε στην Οθωμανική Αυτοκρατορία, διατηρώντας ωστόσο σημαντική αυτονομία και μια ακμάζουσα ναυτιλία.
Στην Επανάσταση του 1821 η Μύκονος πρόσφερε τα καράβια και τους ναυτικούς της στον Αγώνα, με τη Μυκονιάτισσα ηρωίδα Μαντώ Μαυρογένους να ξεχωρίζει για τη γενναιότητα και τις θυσίες της. Μετά τις μεγάλες ανασκαφές στη Δήλο (τέλη 19ου αι.) και ιδίως από τη δεκαετία του 1950 και μετά, η Μύκονος μεταμορφώθηκε από φτωχό ναυτικό νησί σε παγκόσμιο τουριστικό προορισμό — σύμβολο του διεθνούς jet-set.