Η Ίος κατοικείται από τη Νεολιθική και κυρίως την Πρωτοκυκλαδική περίοδο (3η χιλιετία π.Χ.), όπως μαρτυρεί ο σπουδαίος βραβευμένος οικισμός του Σκάρκου, ένας από τους καλύτερα διατηρημένους του Αιγαίου. Κατά τη Μινωική εποχή το νησί δέχτηκε επιρροές του κρητικού και του κυκλαδικού πολιτισμού, πριν οι Ίωνες και οι Δωριείς εγκατασταθούν εδώ γύρω στο 1100 π.Χ.
Στην αρχαιότητα το όνομα της Ίου συνδέθηκε άρρηκτα με τον Όμηρο: κατά την παράδοση, η μητέρα του καταγόταν από το νησί και εδώ ο ίδιος βρήκε τον θάνατο και τάφηκε, στη θέση Πλακωτό. Την κλασική περίοδο η Ίος υπήρξε μέλος της Αθηναϊκής Συμμαχίας, ενώ σώζονται ίχνη αρχαίων ναών, υδραγωγείου και οχυρώσεων.
Στους μεσαιωνικούς χρόνους το νησί οχυρώθηκε στο Παλαιόκαστρο και το 1397 ο Ενετός ηγεμόνας Μάρκος Κρίσπος ενίσχυσε τα τείχη της Χώρας. Το 1537 η Ίος πέρασε στην Οθωμανική Αυτοκρατορία· χάρη στο ασφαλές λιμάνι της αποκλήθηκε «Μικρή Μάλτα». Στην Επανάσταση του 1821 το νησί συμμετείχε ενεργά, ενώ από την Ίο καταγόταν ο Σπυρίδων Βαλέτας, πρώτος υπουργός Παιδείας του νεοσύστατου ελληνικού κράτους.
Στη νεότερη εποχή, από τη δεκαετία του 1960-70, η Ίος έγινε πόλος έλξης των χίπις και αργότερα σύμβολο της νεανικής διασκέδασης των Κυκλάδων. Τις τελευταίες δεκαετίες αναβαθμίζεται σταθερά ως ποιοτικός τουριστικός προορισμός, συνδυάζοντας τη ζωντάνια της με τον σεβασμό στη φυσική ομορφιά και την ιστορική της κληρονομιά.