Η Νάξος κατοικείται αδιάλειπτα εδώ και χιλιάδες χρόνια και υπήρξε από τα σημαντικότερα κέντρα του Κυκλαδικού Πολιτισμού (3η χιλιετία π.Χ.), όπως μαρτυρούν τα περίφημα κυκλαδικά ειδώλια. Σύμφωνα με τη μυθολογία, στο νησί ο Θησέας εγκατέλειψε την Αριάδνη, την οποία ερωτεύτηκε ο Διόνυσος, ενώ στις σπηλιές του βουνού Ζα ανατράφηκε ο Δίας.
Κατά την αρχαϊκή περίοδο (7ος–6ος αι. π.Χ.) η Νάξος γνώρισε μεγάλη ακμή, με φημισμένα λατομεία μαρμάρου και σπουδαία γλυπτική παράδοση — έργα της είναι οι κολοσσιαίοι κούροι και τα αναθήματα στη Δήλο. Την εποχή του τυράννου Λυγδάμιδος ξεκίνησε η κατασκευή του ναού του Απόλλωνα, του οποίου σώζεται η θρυλική Πορτάρα.
Μετά τη ρωμαϊκή και τη βυζαντινή περίοδο, το 1207 ο Ενετός Μάρκος Σανούδος κατέλαβε το νησί και ίδρυσε το Δουκάτο του Αιγαίου (ή Δουκάτο της Νάξου), με πρωτεύουσα τη Χώρα. Επί τέσσερις αιώνες η ενετική αριστοκρατία άφησε το αποτύπωμά της: το Κάστρο, οι πύργοι στην ύπαιθρο και οι καθολικές εκκλησίες.
Το 1564 η Νάξος πέρασε στην Οθωμανική Αυτοκρατορία, διατηρώντας ωστόσο σημαντικά προνόμια. Το νησί ενσωματώθηκε στο ελληνικό κράτος μετά την Επανάσταση του 1821. Στη νεότερη εποχή, η οικονομία στηρίχθηκε στη γεωργία, την κτηνοτροφία, το μάρμαρο και τη σμύριδα — και τις τελευταίες δεκαετίες στον τουρισμό, που ανέδειξε διεθνώς τη μοναδική ταυτότητα της Νάξου.