La storia di Syros inizia nelle profondità della preistoria. Già nel III millennio a.C., l'insediamento proto-cicladico di Chalandriani e il Kastri fortificato testimoniano una società fiorente, contraddistinta dai celebri vasi «a padella» e dagli idoli cicladici.
In epoca classica l'isola partecipa all'alleanza ateniese e dà i natali al filosofo Ferecide, maestro di Pitagora. Seguono i secoli romani e bizantini, con le incursioni dei pirati che spingono gli abitanti verso l'interno.
Nel 1207 Syros passa ai Veneziani, che affermano il carattere cattolico di Ano Syros — una particolarità che sopravvive fino a oggi. Sotto protezione francese e papale, l'isola gode di relativa sicurezza anche durante il dominio ottomano.
Il grande momento arriva con la Rivoluzione del 1821: profughi da Chios, Psara, Smirne, Kasos e Creta si rifugiano a Syros e fondano la nuova città, Ermoupoli. In pochi decenni diventa il primo porto della Grecia e un grande centro commerciale del Mediterraneo.
Nell'Ottocento Ermoupoli è all'avanguardia: nel 1823 viene fondato il primo ospedale del Paese, nel 1833 il primo ginnasio dello Stato greco moderno, e nel 1854 viene costruito il primo piroscafo greco. Teatri, fabbriche, banche e palazzi compongono una città simbolo della Grecia urbana.
L'ascesa del Pireo alla fine dell'Ottocento riduce la potenza marittima di Syros, ma l'isola resta un centro amministrativo, culturale e intellettuale. Oggi Ermoupoli è la sede della Regione dell'Egeo Meridionale e capitale delle Cicladi, viva tutto l'anno, con una ricca tradizione culturale e musicale.