Η ιστορία της Αμοργού χάνεται στα βάθη των αιώνων και συνδέεται άρρηκτα με την εξέλιξη του Αιγαίου και του Κυκλαδικού πολιτισμού. Στην αρχαιότητα το νησί ήταν γνωστό με διάφορες ονομασίες, όπως Παγκάλη, Ψυχία, Καρκησία και Μελανία. Σύμφωνα με αρχαίους γεωγράφους και λεξικογράφους, στην Αμοργό υπήρχαν τρεις σημαντικές πόλεις: η Αρκεσίνη στη θέση Καστρί, η Μινώα στη θέση Μουντουλιά των Καταπόλων και η Αιγιάλη στη θέση Βίγλα στα Θολάρια.
Τα αρχαιολογικά ευρήματα μαρτυρούν ότι η πρώτη κατοίκηση του νησιού ανάγεται ήδη στην 5η χιλιετία π.Χ., αποκαλύπτοντας τη σημαντική συμβολή της Αμοργού στη διαμόρφωση του Κυκλαδικού Πολιτισμού. Παράλληλα, επιβεβαιώνουν τις στενές σχέσεις του νησιού με τη Νάξο, την Πάρο και άλλες περιοχές του Αιγαίου.
Κατά την 3η χιλιετία π.Χ. η Αμοργός γνωρίζει την ακμή του Κυκλαδικού Πολιτισμού, ο οποίος άφησε ως πολύτιμη κληρονομιά τα περίφημα κυκλαδικά ειδώλια που σήμερα αποτελούν σύμβολα της προϊστορικής τέχνης του Αιγαίου. Ακολουθεί η περίοδος του Μυκηναϊκού Πολιτισμού, ενώ αργότερα το νησί εποικίζεται από Μιλησίους της Μικράς Ασίας και Ναξίους. Κατά τους κλασικούς χρόνους συμμετέχει στην Α΄ Αθηναϊκή Συμμαχία, διαδραματίζοντας ενεργό ρόλο στις εξελίξεις της εποχής.
Από τον 3ο έως τον 2ο αιώνα π.Χ. η Αμοργός περνά διαδοχικά υπό την επιρροή και την εξάρτηση διαφόρων δυνάμεων της ανατολικής Μεσογείου, όπως οι Μακεδόνες, οι Πτολεμαίοι, οι Σάμιοι, οι Ρόδιοι και αργότερα οι Ρωμαίοι. Κατά την ελληνιστική περίοδο επικρατούν οι λατρείες της εποχής, ενώ τον 4ο αιώνα μ.Χ. παρατηρείται ο σταδιακός εκχριστιανισμός των αρχαίων λατρευτικών χώρων.
Οι συχνές επιδρομές Σαρακηνών πειρατών κατά τους βυζαντινούς χρόνους ανάγκασαν τους κατοίκους να οργανώσουν την άμυνά τους. Για τον σκοπό αυτό οχυρώθηκαν στο Κάστρο της Χώρας, στο Καστρί και σε ένα εκτεταμένο δίκτυο 23 αμυντικών πύργων που ήταν διάσπαρτοι σε ολόκληρο το νησί.
Ιδιαίτερη θέση στην ιστορία της Αμοργού κατέχει η θαυματουργή εικόνα της Παναγίας της Χοζοβιώτισσας, η οποία, σύμφωνα με την παράδοση, έφθασε στο νησί από την Παλαιστίνη κατά την περίοδο της Εικονομαχίας. Το 1088, ο αυτοκράτορας Αλέξιος Α΄ Κομνηνός χρηματοδότησε την ανακαίνιση της Μονής της Παναγίας Χοζοβιώτισσας, ενός από τα σημαντικότερα βυζαντινά μνημεία του Αιγαίου και διαχρονικού συμβόλου της Αμοργού.
Κατά την περίοδο της Ενετοκρατίας, το νησί αποκτά νέα αρχιτεκτονικά χαρακτηριστικά, τα ίχνη των οποίων διατηρούνται μέχρι σήμερα. Ανάμεσα στα σημαντικότερα μνημεία της εποχής ξεχωρίζουν ο Πύργος του Γαβρά, ο Κάτω Λάκκος και οι χαρακτηριστικές πλακόστρωτες λόζες.
Η Τουρκοκρατία σηματοδοτεί μια περίοδο οικονομικής ανάπτυξης και εκκλησιαστικής αναγέννησης για την Αμοργό. Το 1822 το νησί γίνεται έδρα Επαρχείου του υπό διαμόρφωση ελληνικού κράτους, ενώ το 1829, με δαπάνες της Μονής της Παναγίας Χοζοβιώτισσας, ιδρύεται ένα από τα πρώτα σχολεία του νεοσύστατου ελληνικού κράτους.
Μετά τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, η Αμοργός αντιμετωπίζει σημαντική μείωση του πληθυσμού της εξαιτίας της εσωτερικής και εξωτερικής μετανάστευσης των κατοίκων της. Ωστόσο, τις τελευταίες δεκαετίες το νησί γνωρίζει μια νέα περίοδο ανάπτυξης, με τον τουρισμό να εξελίσσεται σε βασικό πυλώνα της τοπικής οικονομίας και να αναδεικνύει διεθνώς τη μοναδική φυσική ομορφιά, την ιστορία και την αυθεντική κυκλαδίτικη ταυτότητα της Αμοργού.