Обширный регион Малых Киклад был заселён уже в 3-м тысячелетии до н.э., в эпоху Кикладской цивилизации. На соседнем острове Керос и на островах вокруг Скинусы были обнаружены важные находки и знаменитые кикладские мраморные идолы, что помещает этот регион в самое сердце древнейшей цивилизации Эгейского моря.

В исторические времена Скинуса, как и все Малые Киклады, находилась в сфере влияния могущественного Наксоса. Она оставалась небольшим, малонаселённым островом, подверженным пиратским набегам, которые веками делали жизнь на открытых островах Эгейского моря опасной.

Во времена Франкократии, после 1207 года, остров вошёл в состав венецианского Герцогства Архипелага со столицей на Наксосе, а позднее перешёл под власть Османской империи. Из-за пиратских набегов постоянное население долгое время оставалось крайне малочисленным, а систематическое заселение произошло главным образом в XIX веке — семьями, прибывшими с Аморгоса и Наксоса.

В новое время Скинуса жила за счёт земледелия, животноводства и рыболовства: жители выращивали оливки и злаки и кормились морем. В последние десятилетия мягкий туризм принёс острову новую жизнь, не нарушив при этом покой и подлинность, которые остаются его главной отличительной чертой.