Сифнос заселён с эпохи неолита, однако своего наивысшего расцвета достиг в архаический период (VI век до н.э.), разбогатев благодаря своим золотым и серебряным рудникам. Это был один из богатейших островов Эгейского моря — настолько богатый, что посвятил в Дельфах знаменитую Сокровищницу сифнийцев, одно из самых великолепных сооружений святилища.
Легенда гласит, что сифнийцы обещали Аполлону золотой камень каждый год, но когда они перестали выполнять этот обет, рудники затопило морем, и богатство было утрачено. Античный город находился на месте нынешнего Кастро, а укреплённый акрополь на холме Айос-Андреас свидетельствует о заселении ещё с микенских времён.
После римского и византийского периодов остров перешёл под власть Герцогства Архипелага, а затем семей да Корония и Гозадини, которые укрепили Кастро. В годы османского владычества Сифнос сохранил привилегии и переживал духовный расцвет — здесь работала знаменитая Школа Святого Гроба, одно из важнейших образовательных учреждений порабощённого эллинизма.
После включения в состав греческого государства экономика острова опиралась на керамику, сельскохозяйственное производство и мореходство. Сифносские гончары («цукаладес») путешествовали по всему Эгейскому морю, продавая глиняную посуду. В новейшее время Николаос Целементес, родившийся на Сифносе, укрепил славу острова как гастрономического направления — а сегодня туризм на международном уровне раскрывает подлинную самобытность Сифноса.