L'area più ampia delle Piccole Cicladi fu abitata già dal III millennio a.C., nell'epoca della civiltà cicladica. Nella vicina Keros e nelle isole intorno a Schinoussa sono venuti alla luce importanti reperti e i celebri idoli marmorei cicladici, che collocano la regione al centro dell'antichissima civiltà dell'Egeo.

In epoca storica Schinoussa, come tutte le Piccole Cicladi, si trovò nella sfera d'influenza della potente Naxos. Rimase una piccola isola scarsamente popolata, esposta alle incursioni dei pirati che per secoli rendevano pericolosa la vita nelle isole aperte dell'Egeo.

Durante la dominazione franca, dopo il 1207, l'isola entrò a far parte del Ducato dell'Egeo dei veneziani, con sede a Naxos, e in seguito passò sotto l'Impero Ottomano. A causa delle incursioni piratesche, la popolazione permanente rimase per lunghi periodi esigua, e il ripopolamento sistematico avvenne soprattutto nel XIX secolo, con famiglie giunte da Amorgos e Naxos.

In epoca moderna Schinoussa si basò sull'agricoltura, l'allevamento e la pesca, con gli abitanti che coltivavano ulivi e cereali e vivevano del mare. Negli ultimi decenni, un turismo dolce ha portato nuova vita all'isola, senza tuttavia alterare la quiete e l'autenticità che ne rimangono il tratto distintivo principale.