Citnos está habitada desde hace miles de años: en Maroula, cerca de Loutra, salió a la luz uno de los asentamientos más antiguos del Egeo, de la época Mesolítica (hacia el 9º milenio a.C.). Según la mitología, la isla tomó su nombre de Citno, jefe de los Dríopes, la antigua tribu que se estableció aquí — de donde procede también el nombre de Driopida.
En la antigüedad la capital era la antigua Citnos (Vryokastro) en la costa occidental, una ciudad próspera con templos y ágora habitada ininterrumpidamente desde la época geométrica hasta la romana. La isla participó en la Liga de Delos y era conocida por su riqueza mineral — hierro y cobre — mientras que sus manantiales termales ya la habían hecho célebre.
En época medieval, tras la Cuarta Cruzada, Citnos pasó a manos de los venecianos y se convirtió en feudo de la familia Gozzadini, que gobernó la isla durante siglos con sede en el Castillo de Orias, en el extremo norte. Los Gozzadini conservaron el poder hasta una época inusualmente tardía — comienzos del siglo XVII — dejando su huella, como el escudo de armas en la iglesia de Agios Savvas de Chora.
Bajo dominio otomano desde 1617, la isla mantuvo su carácter agrícola y marinero, con los habitantes trasladándose del castillo a los actuales pueblos, Chora y Driopida. Tras su incorporación al estado griego, en los siglos XIX y XX floreció la actividad minera (extracción de mineral de hierro en Katafyki), mientras que en 1857 se organizaron oficialmente los baños termales. Hoy Citnos se apoya en un turismo suave, manteniendo intacta su identidad auténtica.