Кифнос заселён на протяжении тысячелетий: в Маруле, недалеко от Лутра, было обнаружено одно из древнейших поселений Эгейского моря, мезолитической эпохи (около 9-го тысячелетия до н.э.). Согласно мифологии, остров получил своё название от Кифноса, вождя дриопов, древнего племени, поселившегося здесь — отсюда и название Дриопиды.
В древности столицей был древний Кифнос (Вриокастро) на западном побережье, процветающий город с храмами и агорой, непрерывно населённый с геометрической до римской эпохи. Остров входил в Афинский союз и был известен своими полезными ископаемыми — железом и медью, — а также целебными источниками, которые уже сделали его знаменитым.
В средневековье, после Четвёртого крестового похода, Кифнос перешёл к венецианцам и стал феодом семьи Гоццадини, правившей островом веками из замка Ория на северной оконечности. Гоццадини удерживали власть необычно долго — до начала XVII века, — оставив свой след, как, например, герб в церкви Айос-Саввас в Хоре.
Под османским владычеством с 1617 года остров сохранил свой сельскохозяйственный и морской характер, а жители переселились из замка в нынешние деревни, Хору и Дриопиду. После присоединения к греческому государству, в XIX и XX веках расцвела горнодобывающая деятельность (добыча железной руды в Катафики), а в 1857 году были официально организованы целебные купальни. Сегодня Кифнос опирается на мягкий туризм, сохраняя нетронутой свою подлинную идентичность.