Die weitere Region der Kleinen Kykladen war bereits im 3. Jahrtausend v. Chr., zur Zeit der Kykladenkultur, bewohnt. Auf dem benachbarten Keros und auf den Inseln rund um Schinoussa sind bedeutende Funde und die berühmten kykladischen Marmoridole ans Licht gekommen, die die Region ins Zentrum der ältesten Kultur der Ägäis rücken.
In historischer Zeit geriet Schinoussa, wie alle Kleinen Kykladen, in den Einflussbereich des mächtigen Naxos. Es blieb eine kleine, spärlich besiedelte Insel, den Überfällen der Piraten ausgesetzt, die über Jahrhunderte das Leben auf den offenen Inseln der Ägäis gefährlich machten.
Während der Frankenherrschaft, nach 1207, wurde die Insel in das Herzogtum des Archipels der Venezianer mit Sitz auf Naxos eingegliedert und ging später in das Osmanische Reich über. Wegen der Piratenüberfälle blieb die ständige Bevölkerung über lange Zeiträume nur gering, und die systematische Wiederbesiedlung erfolgte vor allem im 19. Jahrhundert durch Familien, die aus Amorgos und Naxos kamen.
In neuerer Zeit stützte sich Schinoussa auf Landwirtschaft, Viehzucht und Fischerei, wobei die Bewohner Oliven und Getreide anbauten und vom Meer lebten. In den letzten Jahrzehnten hat der sanfte Tourismus neues Leben auf die Insel gebracht, ohne jedoch die Ruhe und Authentizität zu verändern, die weiterhin ihr Hauptmerkmal bleiben.