Sifnos ist seit der Jungsteinzeit bewohnt, erlebte jedoch seine große Blütezeit in der archaischen Periode (6. Jh. v. Chr.), als es durch seine Goldminen und Silberminen reich wurde. Es war eine der reichsten Inseln der Ägäis — so reich, dass es in Delphi das berühmte Schatzhaus der Siphnier stiftete, eines der prächtigsten Bauwerke des Heiligtums.
Der Legende nach versprachen die Siphnier dem Apollon jedes Jahr einen goldenen Stein, doch als sie das Gelübde nicht mehr einhielten, wurden die Minen vom Meer überflutet und der Reichtum ging verloren. Die antike Stadt lag an der Stelle des heutigen Kastro, während die befestigte Akropolis auf dem Hügel von Agios Andreas von einer Besiedlung bereits seit mykenischer Zeit zeugt.
Nach der römischen und byzantinischen Zeit ging die Insel an das Herzogtum des Ägäischen Meeres über und später an die Familien Da Corogna und Gozzadini, die das Kastro befestigten. Während der osmanischen Herrschaft bewahrte Sifnos gewisse Privilegien und erlebte eine geistige Blüte — hier wirkte die berühmte Schule des Heiligen Grabes, eine der bedeutendsten Bildungseinrichtungen des unterworfenen Griechentums.
Nach der Eingliederung in den griechischen Staat stützte sich die Wirtschaft auf Keramik, landwirtschaftliche Produktion und Seefahrt. Die Töpfer von Sifnos, die „Tsoukalades“, bereisten die gesamte Ägäis, um ihre Tonwaren zu verkaufen. In der jüngeren Zeit festigte Nikolaos Tselementes, geboren auf Sifnos, den Ruf der Insel als gastronomisches Reiseziel — und heute macht der Tourismus die authentische Identität von Sifnos international bekannt.