Steinzeit: Archäologische Funde beweisen die Existenz einer entwickelten Gesellschaft, schon seit dem 4. Jahrtausend v. Chr. Seitdem ist Naxos ununterbrochen bewohnt.
Bronzezeit (3200-1100 v.Chr.): Naxos hat eine dynamische Rolle im ägäischen Raum des 3. Jahrtausend v. Chr. gespielt als ein wichtiges Zentrum der „Kykladenkultur“. Die archäologischen Funde aus dieser historischen Periode, werden im archäologischen Museum von Naxos in Chora ausgestellt und im Museum in Apeiranthos.
Anfang des 2 Jtd. v.Chr. sind die Minoer die neue Seemacht in der Ägäis und Mitte des Jahrtausends nehmen die Mykener ihren Platz. Das Zentrum der Macht war in den mykenischen Zentren des griechischen Festlandes und die Mykener benutzten die Kykladen für ihre Ausbreitung nach Osten. Ein Teil der mykenischen Hauptstadt von Naxos (1300 v.Chr.) wurde unter dem Mitropoli-Platz, in Chora, entdeckt (archäologischer Ort von Grotta).
Geometrische Epoche(1100-700 v.Chr. ): In den folgenden Jahren wurde Naxos von den Ionier besiedelt und eine langjährige Wachstumsepoche begann für die Insel.
Archaische Epoche(700-480 v.Chr.):Die Wachstum erreichte ihren Höhenpunkt in der archaischen Periode und die Künste blühten, besonders die Architektur und die Bildhauerkunst. Dabei hat der reiche Untergrund von Naxos geholfen, der Marmor als Hauptmaterial und der Schmirgel, den die Künstler für die Politur verwendeten. Die Bildhauerkunst dieser Epoche wird von den zwei halb fertigen übergroßen Kouroi (Statuen junger Männer) repräsentiert, den Kouros von Melanes und den Kouros von Apollonas. Die archäologischen Ausgrabungen auf dem Land haben zwei sehr wichtige Heiligtümer der archaischen Epoche, das Heiligtum der Yrion, im Süden von Chora, auf der Stelle „Livadi“ und das Heiligtum der Gyroula, in der Nähe vom Dorf Sagri. Aus derselben Epoche (6.Jh. v. Chr.) stammt der Tempel von Apollo (Portara), auf der Kleininsel Palatia, am Ende des Hafens. 490 v. Chr. wurde die Insel von den Perser zerstört.
Klassische Epoche(480-323 v.Chr.): Nach der endgültigen Niederlage der Perser von den Griechen, wurde Naxos Mitglied des Attischen Seebundes.
Hellenistische Epoche(323-41 v.Chr.): Aus der hellenistischen Zeit ist ein wichtiges Monument von Naxos datiert, die „Burg des Chimarros“, in der Nähe von Filoti. Eine andere altgriechische Burg ist der „Palaiopyrgos von Plaka“, zwischen dem Dorf Tripodes und dem Strand von Plaka.
Römische Kaiserzeit(41 v.Chr. – 330 n. Chr.): 41 v. Chr. wurde Naxos römische Provinz und als Exil-Ort benutzt.
Byzantinische Epoche(330-1207 n.Chr.):Als das Christentum sich durchsetzte, war Naxos in Vergessenheit geraten. Viele Kirchen wurden auf antiken Tempeln gebaut. Heute gibt es mehr als 500 Kirchen auf Naxos. Die Panagia Drosiani, in der Nähe vom Dorf Moni und die Panagia Protothroni, im Dorf Chalki sind bedeutende altbyzantinische Monumente. In der Byzantinischen Epoche gehört auch das befestigte Kloster des Photodoti Christou, außerhalb des Dorfes Danakos. In derselben Periode bauen die Byzantiner Burgen. Eine solche ist die Burg des Kalogeros (Mönch), auf dem Gipfel eines nicht hohen aber sehr unwegsamen Berges, im Norden der Insel, gebaut. Westlich der Tiefebene von Tragea, liegt die Burg Apano Kastro. Im Zentrum der Insel ist die Burg von Apaliros, gebaut auf einem steilen Berg. In seinem Fuß lag die Hauptstadt der byzantinischen Naxos.
Republik Venedig(1297-1537 n.Chr.): 1207 landete Markos Sanoudos mit seiner Truppe auf die Insel, in die Bucht von Ajassos und nach einer Belagerung, eroberte er die Insel und danach weitere 18 ägäische Inseln, gründete das Herzogtum (Dukato) der Ägäis und setzte den Feudalismus durch. Auf dem Hügel, der die natürliche Akropole der Stadt bildet, errichtete er die Burg der Chora und benutzte deswegen Bauelemente der antiken Stadt. Die Adligen bauten ihre Burgen auf dem Land (Venezianische Burgen), entweder als Sommerhäuser oder zur Schutz vor den Piraten. Viel später, im 17. Jh., wurden die Burg von Agia (vor einigen Jahren vom Feuer zerstört),im Norden und die Klosterburg der Panagia Ypsilotera, außerhalb des Dorfes Galini, errichtet.
Osmanische Besetzung(1537-1829 n.Chr.): Naxos war von den Türken bis 1829 besetzt, und danach wurde sie Teil des griechischen Staates.
Neuzeit: Ein Monument der modernen Geschichte der Insel ist das Schmirgel-Bergwerk, im Osten der Insel, auf dem Weg nach Lionas. Die landwirtschaftlichen und Viehzucht-Produkte geben der Insel finanzielle Autarkie. Der Tourismus entdeckte Naxos in den 80er Jahren.