Nach der Mythologie kommt der Name aus Sikinos, Sohn des Königs Thoantas von Limnos. In der Antike trug die Insel den Namen Inoi, weil der Weinbau und die Weinherstellung auf der Insel blühten.
Im 10 Jh. v. Chr. wurde Sikinos von den Ioniern besiedelt und im 5.Jh.v.Chr. war die Insel unter der athenischen Herrschaft.
Sikinos hatte das gleiche Schicksal wie die anderen Kykladeninseln und mehrere Herrscher folgten einander auf der Insel: die Römer, die Byzantiner, die Venezianer und die Türken.
Während der venezianischen Herrschaft gehörte Sikinos dem Herzogtum von Naxos.
1537 wurde die Insel von den Türken erobert und 1829 vereinigte sich mit dem griechischen Staat.