Die Insel war seit der Antike bewohnt. Laut Tradition, der Name von Schinoussa kommt aus dem Strauch Schinos (Mastixstrauch oder Wilde Pistazie), der auf der ganzen Insel wächst. Eine andere Theorie meint, dass der venezianische Herzog Schinoza seinen Namen der Insel gegeben hat.
Viele archäologische Funde beweisen, dass Schinoussa ihre Rolle bei der Entstehung der Frühkykladischen Periode, deren Zentrum in der benachbarten Insel Keros war, gespielt hat.
Schinoussa hat eine reiche Handelsaktivität in der byzantinischen Periode geleistet und das wird von der großen Menge der keramischen Funde und den vielen zerstörten byzantinischen Kirchen bewiesen.
In verschiedenen historischen Perioden wurde die Insel von ihren Einwohnern verlassen, wegen der ständigen Piratenangriffe. Seit der Mitte des 19. Jh. fing die Wiederbesiedlung der Insel an, hauptsächlich mit Familien aus Amorgos.