Iraklia oder Araklia, oder im Mittelalter Iraklitsa, trägt ihren Namen seit der Antike. Die wichtigen archäologische Funde, die heute in Museen ausgestellt sind, beweisen, dass Iraklia ein großes Wachstum von 3200 v.Chr. bis 1000 v.Chr. hatte, in der Zeit also der Kykladenkultur.
Es gab aber auch Perioden, in denen die Insel verlassen war, wegen der Piratenangriffen. Vom Ende des 18. Jh. und bis 1826 wurde der größte Teil der Insel unfruchtbar und nur wenige Felder (Metochia)waren entweder für die Bedürfnisse der Mönche des Hozoviotissa Kloster von Amorgos bebaubar oder für die Viehzucht benutzt.
Es ist bekannt, dass Iraklia dem Kloster gehörte. 1826 fing die illegale Besiedlung der Insel an. Die Siedler kamen aus Ägiali von Amorgos und begannen die Kultivierung auf Iraklia. 1831 erlaubte das Kloster anderen Siedler aus Ägiali auf Iraklia zu kommen und unterschrieb mit ihnen einen zehnjährigen Vertrag. Das Kloster behielt das Recht auf den Grundbesitz, der Ausnutzung der Erde und dem Verteilen der Produkte bis auf 50%.