Der Name Syros stammt aus dem phönizischen Wort „Sur“ oder „Osoura“ ,dass „felsig“ heißt. Homer erwähnt sie in der Odyssee als „Syrii“.
Die archäologischen Befunde, die am Ende der 19.Jh. in Chaladriani, im Nordosten der Insel, ans Licht kamen, datieren aus dem Jahre 2800 v.Chr., die zweite Periode der Frühkykladischen Kultur. Es handelt sich um Gräber, Idole, Vasen und andere Artefakten die sich heutzutage im Nationalen Archäologischen Museum in Athen, im Goulandris Museum für die kykladische Kunst und im Archäologischen Museum in Syros ausgestellt werden.
In Syros ist Mitte des 6.Jh.vor Chr. der Philosoph, der Physiker und Astronom Ferekydes geboren. In dieser Zeit gab es zwei Städte auf Syros: die eine auf der Stelle der heutigen Hauptstadt Ermoupolis und genauer im Ort Pefkakia-Psariana und die andere in Galissa im Südwesten der Insel.
Im 5 und 4 Jh. Vor Chr. war Syros Mitglied des attischen Seebundes. Nach einer Periode von Unruhen im 3 Jh. Vor Chr., seit dem 2 Jh. Vor Chr. blüht die Insel wieder. Im nächsten Jahrhundert Syros wurde zu einem wichtigen Hafen, aber in den folgenden Jahrhunderten die Insel wurde dauernd von den Piraten angegriffen und die Einwohnerzahl stark reduziert.
Während der ersten byzantinischen Jahre begann der Aufbau der Siedlung von Ano Syros. 1207 wurde sie von der Republik Venedig besetzt und später, während der Latinokratie, wurden die Einwohner Katholiken. 1566 kam Syros unter die Herrschaft der Osmanen aber während des Osmanischen Reiches hatten der Papst und der König Frankreichs Syros unter Schutz genommen. 1617 zerstört die türkische Flotte die ganze Insel. Die Bevölkerung der Insel umfasste vom 16. Jh. bis zum 18. Jh. ca. 2500 Katholiken und 100-200 Orthodoxe.
Ermoupolis entwickelt sich seit 1822 zu einer Stadt. Flüchtlinge kommen in die Insel aus Kleinasien, Chios, Kasos, Psara und Kreta und 1826 bekommt Ermoupolis ihren Namen, nach einem Vorschlag der ersten Siedler, dem antiken Gott des Handels Hermes zur Ehre, eine parallele Erwähnung an den Handelsaktivitäten der Einwohner.
Ermoupolis wächst ständig und wird schnell zu einem großen Handelszentrum und wichtigsten Hafen des östlichen Mittelmeeres. 1823 wird in Ermoupolis das erste Krankenhaus Griechenlands gegründet und 1833 wird Ermoupolis zur Hauptstadt der Präfektur Kykladen. Im selben Jahr gründete Theofilos Vamvas, ein Lehrer und Priester der aus Chios geflohen war, in der Stadt auch das erste Gymnasium in Griechenland. In diesem Gymnasium schloss sein Studium der große Politiker Eleftherios Venizelos ab. 1861 wurde Neorion, die erste Werft im modernen Griechenland, gegründet und einige kleinere Werften, wo ca. 2000 Menschen arbeiten. Fast 80 Schiffe wurden hier pro Jahr gebaut unter ihnen auch der erste griechische Dampfschiff. Zur selben Zeit, besonders nach 1855, entwickeln sich die Bankinstitute und die Versicherungen, die Industrie, die Gerberei, die Seifenfabrik, die Textilindustrie u.a. Die Stadt befindet sich auf dem Höhepunkt ihres Wachstums bis zum Ende des 19. Jh. und die Insel hatte mehr als 30.000 Einwohner.
Die Schäden des Zweiten Weltkrieges haben Syros stark betroffen und in der Nachkriegszeit wurde der finanzielle Verfall grösser. In den 80er Jahren, der finanzielle Wachstum und die Verbesserung der Lebensqualität in Griechenland sind ein Impuls für die lokale Wirtschaft, mit Angelpunkt den Tourismus. Parallel dazu, der Wiederbetrieb der Werften und andere Aktionen deuten den Aufwärtsgang von Syros ein und zeigen gleichzeitig wie nötig es ist, die Wirtschaft zu differenzieren und neues Gleichgewicht finden.