Während der historischen Zeiten, waren die ersten Bewohner der Insel Phönizier aus Sidona und danach folgten mehrere Eroberer. In der Antike war Antiparos als Oliaros bekannt und ihre Geschichte ist hauptsächlich mit der von Paros verbunden, deren untrennbarer Teil Antiparos war. Der Name Antiparos wurde zum ersten Mal im 13. Jh. v. Chr. erwähnt. In der Mythologie ist aber das Wort älter, denn Antiparos einer der 50 Söhne des Ägyptos war, der ,wie auch 48 seiner Gebrüder, ermordet wurde, von seiner Gattin Kritomythea, die eine der 50 Danaiden war.
Während der byzantinischen Epoche und von dem 13. Jh. bis zur griechischen Revolution von 1821, litt die Insel unter den Angriffen von Piraten aus Algerien, Kreta, Kefalonia und anderen Orten. 1537 erobern die Osmanen und der schreckliche Pirat Barbarossa Antiparos und die übrigen Kykladeninsel. Während dieser Periode wurde Antiparos von den Eroberern und den Piraten vielmals zerstört. Die Inseleinwohner waren zwischen den ersten Kykladiten, die an den griechischen Befreiungskampf gegen die Türken teilnahmen. Die Insel wurde 1832 offiziell griechisches Territorium.
Im zweiten Weltkrieg wurde Antiparos als geheime Basis der Alliierten benutzt und das „Unternehmen Antiparos“ war ein heroisches Kapitel der Geschichte des Zweiten Weltkrieges, das aber zu der Festnahme und Exekution mehrerer griechischen Patrioten und Alliierten führte.