В соответствии с классическими мифами под внушительными утесами Миконоса похоронены гиганты, с которыми расправился могучий Геракл во время гигантомахии. Возможно, название острова обозначает «скопище камней» или «каменистое место». Согласно позднейшей традиции название Миконоса связывают с именем героя Миконоса, сына делосского царя Аниоса.
Первыми жителями Миконоса были карийцы и финикийцы, но около 1000 г. до н.э. здесь воцарились ионийцы. Существуют свидетельства о том, что на Миконосе было два города-полиса, что в 490 г. до н.э. здесь останавливались Датис и Артаферн, и что в те временя остров был небогат.Жители Миконоса поклонялись Дионису, Деметре, Зевсу, Аполлону, Посейдону и Гераклу.
Римские завоеватели уступили место византийцам, которые в 7 веке возвели на острове оборонительные сооружения для защиты от арабских пиратов и удерживали власть над островом до 12 века.
После печального завершения IV Крестового похода в 1204 г. остров переходит под влияние братьев Андреа и Иеремии де Гизов. В 1292 г. Миконос был разграблен каталонцами, затем оказался в прямом подчинении у венецианцев. С тех пор остров вошел в состав единого территориального владения Венецианской республики вместе с островом Тинос. В период власти венецианцев Миконос подвергался набегам Барбаросы, адмирала Сулеймана Великолепного.
В период туркократии Миконос подчиняется главе османского флота Капудан-Паше и фактически на острове устанавливается самоуправление: Миконосом руководят воевода и комиссия уполномоченных лиц, которые стараются сохранять дистанцию как с турками, так и с венецианцами.
Население Миконоса, составлявшее в предыдущий период от 2 до 5 тысяч человек, к концу 18 – началу 19 вв. заметно увеличилось, прежде всего за счет переселенцев с Крита, Наксоса, Фолегандроса, Сикиноса, Кимолоса и других островов, бежавших от голода, эпидемий и частых войн. Остров стал значимым поставщиком провианта для иностранных торговых судов. Жители Миконоса, имея в прошлом опыт пиратства, постепенно начали заниматься судоходством и торговлей.
Во время восстания 1821 г. жители Миконоса под предводительством Мандо Маврогенус (дочь аристократической семьи, выросшая в Триесте и впитавшая идеи Просвещения), отражают нападение турецкой эскадры (1822 г.) и принимают активное участие в освободительном движении.
В период образования нового греческого государства на Миконосе сложился энергичный городской класс, который развивал связи с южными областями России, с Италией, Францией, Александрией, Смирной, Константинополем и набирающим силу Сиросом.
Однако распространение паровых технологий в конце 19 века и открытие Коринфского канала (1904 г.) снизили значимость Миконоса, в связи с чем многие его жители отправились искать лучшей жизни в других городах (прежде всего в Афинах, в Пирее) и даже за границей (до I мировой войны - в России, затем в США).
Раскопки, начатые в 1873 г. на Делосе Французской археологической школой Афин, привлекли к этому региону внимание местной и иностранной элиты, имевшей возможность и желание путешествовать по Греции Уже с 1930 г. многие известные люди посещают остров и открывают для себя, помимо впечатляющих древностей Делоса, достоинства соседнего Миконоса. На фоне бурного развития промышленности и туризма в послевоенной южной Европе Миконос удачно адаптируется к новым условиям, и его неповторимый стиль, а также трудолюбие и предприимчивость местных жителей позволяют острову занять завидное место на международном туристическом рынке.