Dem klassischen Mythos nach, sind unter den Felsen von Mykonos die Giganten begraben, die Herkules während der Gigantomachie vernichtet hatte. Ihr Name könnte den „felsigen Ort“ oder den „Haufen von Steinen“ beschreiben. Nach einer späteren Tradition, ist die Insel mi dem Helden Mykonos verbunden, Sohn des Königs von Delos Anios.
Die Karer und die Phönizier waren die ersten Einwohner von Mykonos, aber die Ionier besiedelt die Insel und herrschten in 1000 v.Chr. Es wird berichtet, dass es auf der Insel zwei Städte gab, dass Dates und Artafernes in 490 v.Chr. hier stationiert waren und dass sie eine arme Insel war. Hier wurden meist Dionysus, Dimitra, Apollo, Poseidon und Herkules verehrt.
Die Römer eroberten Mykonos und danach kamen die Byzantiner, die im 7 Jh. n. Chr. Befestigung gegen die Arabischen Piraten bauten und Herrscher von Mykonos bis zum 12 Jh. waren.
Nach dem unglücklichen Ende des Vierten Kreuzzugs in 1204, die Insel wurde an Andreas und Ieremias Gyzis übergegeben. 1292 wurde von Katalanen geplündert und wieder den Venezianer übergelassen. Seitdem war Mykonos eine einheitliche Possession Venedigs mit Tinos zusammen. Während der venezianischen Herrschaft wurde die Insel von Barbarossa, den Admiral von Suleyman des Prächtigen, zerstört.
Während der Herrschaft der Osmanen, ist unter der Jurisdiktion des Führers der osmanischen Flotte Kapoudan-Pascha und hat eine Art Selbstverwaltung, mit einem Voevodas(Verwalter) und seinen Beauftragten, die den Abstand zwischen den Türken und den Venezianern wahren.
Die Bevölkerung von Mykonos schwankte zwischen 2.000 und 5.000 Einwohner, wurde bis zum Ende des 18. Jh.- Anfang des 19. Jh. mit Flüchtlingen aus Kreta oder Naxos, Folegandros, Sikinos, Kimilos u.a. verstärkt, besonders nach den vielen Kriegen, die Hunger und Krankheiten verursachten. Die Insel war eine wichtige Versorgungstation für die ausländischen Handelsschiffe. Die Mykoniaten haben zum selben Zeitpunkt sich mit Erfolg mit der Schifffahrt und dem Handel beschäftigt, nachdem einige Einwohner auch in die Piraterie verwickelt waren.
Während der Griechischen Revolution von 1821, die Mykoniaten, unter die Führung von Manto Mavrogenous (sie war Tochter einer adligen Familie, in Trieste mit der Ideen der Aufklärung großgezogen geworden) kämpften erfolgreich gegen die osmanische Flotte (1822) und beteiligten sich am Freiheitskampf.
Nach der Bildung des neuen griechischen Staates, Mykonos hat eine aktive bürgerliche und kleinbürgerliche Bevölkerung, die enge Verbindungen mit Südrußland, Italien, Frankreich, Alexandria, Smyrni, Konstantinopel und Syros, die aufkommt, hat.
Die Dampfschifffahrt am Ende des 19.Jh. und die Eröffnung des Sueskanals (1904) haben die Macht von Mykonos geschwächt und viele Mykoniaten , auf der Suche nach einem besseren Glück, wanderten ins Ausland (nach Russland bis zum Ersten Weltkrieg, dann in die USA) oder in die neuen städtischen Zentren auf dem griechischen Festland (Athen,Piräus) aus.
Die Ausgrabungen, die seit 1973 die französische Archäologische Schule von Athen angefangen hatte, wurde die Insel an die ausländische und die griechische Elite bekannt.Schon seit 1930 besuchten viele Prominente die Insel und entdeckten nicht nur die beeindruckenden Antiquitäten von Delos sondern auch die Schönheiten von Mykonos. Mykonos folgte das rasende Wachstum des Tourismus im Süden Europas in der Nachkriegszeit, passte an die neue Realität gut an und mit der Arbeitsamkeit, den Stil und der Unternehmungslust ihrer Einwohner und rangiert einen sehr hohen Platz im internationalen Tourismusmarkt.