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米科诺斯岛、提洛岛、里尼亚岛以及无人居住的小岛构成了基克拉泽斯群岛。米科诺斯岛上地形平坦，最高点只有364米。全岛面积仅有75平方公里。主要的岩石是花岗岩，然而岛上却几乎寸草不生，只有稀疏的矮灌木丛覆盖着岛上的部份区域，如：帕诺尔莫斯、卡拉法蒂斯、弗特利亚等地。里尼亚岛（面积13平方公里，最高海拔149米）同样地形平坦，部份地区有灌木丛生长因而用于放牧；另外岛上还有一些废弃田地。特拉格尼西岛（面积1.1平方公里，最高海拔149米）地形崎岖，部份地区过于险峻，一般交通方式无法到达。小岛拥有矿山和一些平坦延伸的陆地。斯塔波的亚岛（面积0.5平方公里，最高海拔133米）岩石密布，岛上有许多悬崖，也有一些平坦区域，灌木丛稀疏地分布于部份地表。
米克诺斯岛上普遍气候干燥，但冬季气候却相当温和。岛上常见的典型天气，就是夏季白天整个岛上不断吹着强烈的北风梅尔特米亚meltemia（单数称作梅尔特米）。下雪罕见，夏天完全不会降雨，就算在冬天也只有少量雨水。夏季阳光明亮温暖，因此当地也常常提醒游客做好适当的防晒措施。
与第一印象截然不同，米科诺斯岛的贫瘠地形实际上蕴藏了丰富的生态。光秃秃的山上其实是许多小动物躲避游客目光的藏身之处。岛上的代表性动物是喜欢坐在岩石上，或是在石头圈中飞奔的一种巨型带刺蜥蜴。鳄鱼的命名灵感则来自这种生物。爱奥尼亚人在抵达埃及后，鳄鱼在尼罗河中游泳的景像让他们联想到「米科诺斯巨蜥」champsai，由于它们在外观上极相似，因此将鳄鱼将命名为crocodile。在岛上，巨蜥确实也被当地人称为「陆地鳄鱼」，或krokodilaki（小鳄鱼）和korkodeilas。
据古兰德里斯自然历史博物馆内收藏的Achilleas Dimitropoulos研究所述，岛上的野生动物有两个极为重要的栖息地：帕诺尔莫斯和弗特利亚沿海湿地，受季节性洪水淹没常常变成小咸水泻湖。两者都是候鸟迁徙途径上的重要休息站。在这些湿地中也有自然水流与引流点形成，例如马拉夏大坝形成人工湿地后的水流。阿诺梅里亚的沙洲中也蕴藏着相当丰富的二氧化硅。
岛上典型的基克拉泽斯地形和旱燥气候，不利于传统农业发展，仅有极为有限的高品质谷物、葡萄酒、蔬菜出产，用于满足当地的消费需求。岛上谷物和葡萄树栽培从古代发展至今，古钱币便是历史证据。岛上畜牧业如今虽已接受限制管理，但依然出产著名的kopanisti──一种风味刺激的乳状奶酪──和xinotyra（酸奶酪）。此外岛上还生产冷盘美食，最有名的莫过于louza和paides，美食家中眼中的美味佳肴。米科诺斯的杏仁糖果amygdalota也相当有名，或者品尝杏仁甜酒soumada。
Louza：美味的岛上名产香肠，louza是瘦猪肉夹一点点肥肉制成的腊肉。冬季时在户外风干，到了夏季则裹上盐、胡椒和当地药材如throupi等晒干。腌制完成后必须保存在冰箱中以免水分流失。Louza通常切成深红色薄片作为开胃菜。用脊肉制成的小块louza被称为bouboulo。Louza也类似于意大利的lonza和塞浦路斯的lountza。
Kopanisti：是一种味道刺激的乳状奶酪，可搭配茴香酒或其它希腊酒类涂在面包上食用，或依传统配料加上切碎的西红柿、黄瓜及表面略湿润的大麦面包品尝其无穷美味。有时会用奶油或其它白奶酪混合软化它的味道，并一直保存在冰箱里。 Kopanisti根据传统奶酪制作方法反复控制发酵步骤完成，必须使用陈年的绵羊或山羊乳制作并快速封存在粘土罐中。类似的方法也用于基克拉泽斯其它岛屿的奶酪制作方法上，不过，米科诺斯的干酪风味最为浓烈。