Amorgos, die Insel des unendlichen Blaus, liegt im Südosten von Kykladen, zwischen Naxos, den Kleinen Ostkykladen und Astypalaia. Die Insel bildet den natürlichen Zugang, die Kommunikationsbrücke zwischen den Kykladen und Dodekanes. Amorgos ist 136 Seemeilen von Piräus entfernt.
Es verfügt über zwei natürliche Häfen, Katapola im Zentrum und Ägiali im Norden. Ein großer Teil der Küste von Amorgos ist extrem felsig und fällt steil ins Meer. Amorgos ist länglich und ihr Umriss erreicht die 112 km. Die Länge der Insel erreicht die 18 Meilen und die breite variiert zwischen 1,5 bis 5 Meilen.
Die Gegend um Ägiali ist sehr gebirgig, wild und steil, wo sich die höchste Erhebung der Insel befindet, der Berg Kroukellos (821 Meter). Im Zentrum der Insel steigt Profitis Ilias auf 698 Meter und im Westen der Weiße Berg oder Vouno tou Choriou oder Korakas auf 630 Meter. Zwischen diesem Gebirgslandschaft gibt es kleine Täler mit wichtigsten die Täler von Kolofanas im Westen, Katapola im Zentrum und Ägiali im Norden. Es gibt auch die kleineren Täler von Kamari, Arkessini und Agios Pavlos.
Die geologische Geschichte von Amorgos differenziert sich von den übrigen Kykladeninseln, mit älterem Gestein den Schiefer und jüngerem den Kalkstein, Gesteine die den größten Teil der Insel dominieren. Die heutige Gestalt von Amorgos wurde vor 700000 Jahren mit der Versenkung von großen Landstücken und der Bildung der Gebirgen entstanden.
Die Vegetation auf Amorgos, typisch kykladisch, ist nicht reich, sondern eher buschig, mit Mastixsträuchern, Kermes-Eichen und Phrygana, es gibt aber die fruchtbaren Täler von Katapola, Kato Meria und Ägiali, mit dichten Olivenhainen und anderen Obstbäumen. Weinreben und Gemüse von großer Qualität und wenig Getreide werden auf der Insel kultiviert und besonders auf den Abhängen der Insel. Die Vegetation auf Amorgos ist reich an endemische Pflanzen und sehr seltene Heilkräuter.
Das Klima ist gesund und ähnelt sich den anderen Kykladeninseln. Die Ägiali Region ist im Sommer warm, wegen der Bodenformation, die die kühlen Nordwinde (Meltemia) in Inneren der Insel einzudringen verhindert.