Согласно мифологии название острова происходит от имени Сикиноса, сына лимносского царя Тоантаса. В древности остров назывался Инои (от слова «инос» - вино), так как здесь процветало виноделие и производилось отменное вино.
В 10 веке до н.э. Сикинос населяли ионийцы, а с 5 века до н.э. установилось господство афинян.
Сикинос разделил общую судьбу кикладских островов, побывав во власти римлян, византийцев, венецианцев и турок. Во время венецианского господства был частью Герцогства Наксоса (или Герцогства Эгейского).
В 1537 г. Остров был завоеван османами, а в 1829 воссоединился с остальной Грецией.