Selon la mythologie grecque son nom dérive de Sikinos, le fils du roi Thoas de Límnos. Pendant l'antiquité, elle s'appelait "Oinoi" parce que la viticulture était fleurissait à l'île ainsi que la production du vin exceptionnel.
Au 10ème siècle, Sikinos a été habitée par les Ioniens, et au 5ème siècle l'île était sous la dominance des Athéniens.
Sikinos, comme toutes les îles des Cyclades, a été prise par les Romans, les Byzantines, les Vénitiens et les Turcs.
Pendant la période de l'occupation vénitienne elle appartenait au Duché de Naxos.
En 1537, elle a été prise par les Tucs et en 1829 elle a été attachée à Grèce.