Остров населяли люди с древнейших времен. Название его традиционно связывают с наименованием кустарника Схинос, пышно разросшегося по всей территории острова. По другой версии Схинуса была названа так по имени венецианского аристократа Схинозы.
Множество археологических находок свидетельствуют о том, что Схинуса внесла ощутимый вклад в формирование Раннекикладской культуры, одним из центров которой был соседний остров Керос.
В византийский период Схинуса вела активную торговлю, судя по обилию найденных здесь керамических изделий соответствующей эпохи и множеству разрушенных византийских храмов.
В разные исторические периоды жители Схинусы покидали остров, спасаясь от пиратских набегов. С середины 19 века на острове вновь сформировалось постоянное население – в основном за счет семей родом с острова Аморгос.