Chora di Naxos è la capitale, il centro amministrativo e il porto dell'isola. Offre tutti i servizi sia d'inverno e d'estate. Molti monumenti a Chora come quello di Portara, il sito archeologico di Grotta e il castello veneziano testimoniano l'importante passato della città. A Chora si trova il Museo Archeologico e la collezione folklore e museologica di Vassilios e Katrina Koutelieris. Nei giorni d'estate, le persone si riuniscono sulla spiaggia di Agios Georgios (lunga spiaggia sul lato sud di Chora).Molti però preferiscono la spiaggia di Grotta, nel nord del paese, vicino al porto. Nel mercato di Chora troverete tutti i prodotti locali, arte popolare, abiti, gioielli. Nelle decine di ristoranti e trattorie è possibile gustare la cucina greca e quella locale. Per quanto riguarda la vita notturna, ci sono negozi per ogni età e gusto. Chora è collegata con tutti i villaggi e le spiagge di Naxos con un regolare servizio bus.
Chalki, situata al centro della pianura di Tragea è la capitale e il centro amministrativo del secondo Comune di Naxos quello di Drymalia che comprende li villaggi di Tragea e i villaggi di Naxos montuoso. L'area di Tragea nel centro di Naxos è piena di uliveti e diversi alberi da frutta e viene considerata dai tempi antichi come la parte più ricca e fertile dell'isola. Intorno Chalki, tra gli alberi, possiamo vedere i villaggi di Tragea: Kaloxilos Akadimi, Cheimaros, Tsikalario, Damarionas, Damalas. La località è chiamata "Mikros Mistras" a causa del gran numero di chiese (risalenti dal 6° al 14° secolo).
Damarionas. Questo villaggio ha bei palazzi antichi, molti dei quali sono attualmente in restauro. I suoi abitanti sono impegnati nella coltivazione dell'olivo, l'agricoltura e l'allevamento del bestiame. Nel centro del paese si trova una chiesa molto antica quella di Christos, con scolpito iconostasi fatto in legno e vecchie icone.
Damalas. Piccolo e pittoresco villaggio con pochi residenti permanenti. Vale la pena visitare il frantoio tradizionale e rinnovato di Damalas e laboratorio di ceramica tradizionale, all'ingresso del paese.
Moni. Il villaggio è costruito su una collina, affacciato sul bacino di Tragea. Ha preso il nome dalla chiesa di Panagia Drosiani che prima era un convento. Le sue tessiture sono famosi.
Kinidaros. Bellissimo villaggio, famoso per i prodotti animali, ma anche per feste e le sagre. Vicino Kinidaros si trova unaa sorgente con quale i villaggio copre i bisogni idrici. Nella zona si trovano le cave di marmo. Le sere d'estate nelle taverne ci sono feste con musicisti locali.
Melanes. Il villaggio è costruito su una valle fertile. Ci sono sorgenti oggi deserte che però una volta alimentavano i mulini ad acqua. Nella valle di Melanes si trovano i villaggi più piccoli, quello di Kourounochori e quello di Mills. La torre Fragopoulos a Kourounochori ricorda che la zona fu una delle più importanti feudi di Naxos nell'epoca veneziana. Vicino Melanes al posto di Flerio, si trova sul bordo di un frutteto, una delle due statue arcaiche di Kouros di Naxos.
Potami. Si tratta in pratica di tre piccoli villaggi (Ano, Messi e Kato Potamia) costruite lungo la valle verde e circondati da frutteti. Vecchi mulini danno un colore speciale. La zona è ideale per passeggiate.
Sangri. E'costruita sull'altopiano fertile con uliveti, a distanza di 11 km. Sud-est dalla Chora. La zona è molto interessante e ha alcune attrazioni come il monastero-torre di Timios Stavros (16° sec.) recentemente restaurato che ospita vari eventi, il monastero di Agios Eleftherios, le chiese bizantine di Agios Nikolaos, Agios Artemios (8° - 9° sec.), costruito nel periodo di iconoclastia e il Somaripa a Kato Sangri. A sud del villaggio, al posro Giroulas, si trova il tempio arcaico della dea Demetra.
Nel 12° km. della strada principale che collega Chora di Naxos con Sangri, domina la pianura di Agiassos, la Torre Bazeos.
Filoti. Dopo Tragea, la strada sale per Za, la montagna più alta delle Cycladi (1004 m.) incontra il villaggio anfiteatrico Filoti costruito sui piedi di Za. Si tratta di uno dei più grandi villaggi di Naxos, molto attivo e vivace. Ha ristoranti, caffè, pub e alcuni negozi. La chiesa del villaggio, Panagia Filotitissa, è tra le più belle di Naxos con icone rari, iconostasi in marmo e un campanile scolpito. Vale anche la pena di visitare la Torre di Barotsi. Da Filoti inizia una strada che conduce alla torre del Cheimarros.
Danakos. Un piccolo villaggio, situato in una profonda gola, con abbondante fonti d'acqua che un tempo alimentavano i mulini ad acqua. Vicino al villaggio, in una splendida posizione si trova il monastero Fotodoti, il più antico monastero di Naxos. Dalla chiesa di Agia Marina situata nel bivio per Danako, inizia il sentiero che porta sulla cima di Za.
Apiranthos è costruita nel cuore della parte montagnosa di Naxos, sui piedi di montagna Fanari. Il suo nome è "villaggio marmo". Conserva intatta la sua forma architettonica di epoca veneziana. Apiranthos si distingue dagli altri villaggi di Naxos per il dialetto che parlano gli abitanti, le loro tradizioni e i costumi. I suoi abitanti, la maggior parte provenienti dai villaggi di montagna di Creta, arrivarono nel 17° secolo. Rinomato per l'inclinazione alla poesia e all'arte in generale dei suoi abitanti. Le donne sono molto capaci nell'arte della tessitura. Impressionante è la torre di Zevgoli (17° sec.), costruita su una roccia all'ingresso del villaggio. Nei caffè e nelle taverne si può gustare l'unico e famoso vino di montagna di Naxos. Nella regione, ci sono notevoli chiese bizantine. Vale la pena di visitare i quattro musei interessanti.:
- Il Museo Archeologico,
- Il Museo Geologico di Apiranthos e il
- Museo di Storia Naturale di Apiranthos.
Keramoti. E'costruito su una valle stretta e profonda. Oltre al vino, Keramoti è famosa per il suo miele. Sulla strada principale, al culmine di Keramoti si trova la chiesa Stavrou. Da questo punto sono visibili le coste orientali e occidentali dell'isola.
Koronos. E'costruita su una valle alle pendici orientali della montagna Koronos ad una altitudine di 540 m. Bellissimo, pittoresco villaggio con vivaci colori. I residenti più anziani, nella loro maggioranza, lavoravano nelle miniere di smeriglio che si trovano nella zona. Con la scoperta di smeriglio artificiale e la chiusura delle miniere, molte persone sono spostate verso le città più grandi. Nei caffè e nelle taverne si può gustare l'unico e famoso vino di montagna di Naxos. Vale la pena visitare il Museo del Folklore. Fuori dal villaggio la chiesa di Panagia Argokoiliotissas, raccoglie ogni anno, in occasione della sagra, migliaia di pellegrini.
Skado. Bel paesino di montagna, costruito su una collina con vigneti.
Galanado. Bello e pittoresco villaggio, costruito sulla strada principale per Tragea a 8 km. di distanza dalla Chora. I suoi abitanti sono principalmente agricoltori e allevatori di bestie. Fuori dal paese si trova la torre veneziana Belonias e accanto ad essa la chiesa di Agios Ioannis.
Glinado. Villaggio vivace con negozi, taverne e un'allevamento del bestiame molto sviluppato. All'ingresso del paese c'è la chiesa di Agios Nikodimos, patrono di Naxos. All'interno della pianura, tra il Glinado e il mare, a Yria, è stato trovato il tempio arcaico di Dioniso.
Agios Arsenios. Villaggio con belle case e cortili ordinate. Bisogna fare una visita alla chiesa di Agios Spyridon. Intorno al villaggio, nella pianura ci sono molte chiesette di campagna e il monastero di Agios Ioannis Prodromos.
Tripodes. Bellissimo villaggio con strade lastricate e mulini a vento abbandonati. All'ingresso del paese, la chiesa di Panagias con il vecchio iconostasi scolpito in lengo e icone rare. Sulla strada che collega il villaggio di spiaggia di Plaka si trovano i ruderi della vecchia torre di Plaka.
Eggares. Trattasi di un villaggio verde e bello, situato nella parte orientale della valle di Eggares (8 km. Nord-est del Paese). Vale la pena di visitare il Frantoio di Eggares, la torre Pradouna e il monastero di Faneromeni. Nella regione ci sono due dighe artificiali, la diga di Eggares e la diga di Faneromeni che sta in fase di costruzione.
Galini. Paese piccolo, con belle case. Costruito nella valle di Eggares (7 km. Nord-est da Chora). Tra il villaggio e la spiaggia di Amiti sorge la torre del monastero Ypsilotera che si usava come base e rifugio per gli agricoltori della regione durante il dominio dei Franchi.