Età della pietra: Reperti archeologici dimostrano la presenza di una società sviluppata gia dal 4° milenio a.C. Da quel periodo e poi, Naxos fù sempre abitata.
Età del rame (3200-1100 a.C.). Naxos fù un importante centro della civiltà Cyclade gia dal 3° milenio a.C. I reperti degli scavi archeologici di quel periodo sono esposti nel Museo Archeologico di Naxos a Chora e nel Museo Archeologico di Apeiranthou.
All'alba del 2° milenio a.C. i Minoiti dominarono sull'Egeo e dopo di loro questa dominazione passò nelle mani dei Micenei. I Micenei usarono le Cycladi come ponti per la loro espansione all'oriente. Una parte della capitale Micenea di Naxos è stata trovata sotto la piazza di Mitropolis a Chora (sito archeologico di Grottas).
Epoca geometrica (1100-700 a.C.) Naxos fù abitata negli anni sucessivi dagli Iones e per l'isola cominciò un periodo di grande sviluppo.
Epoca arcaica (700- 480 a.C.) Lo sviluppo raggiunse l' apice nel periodo archaico (7-6 secolo a.C.). Le arti, soprattutto la scultura e la architettura, fiorinono. Questo fiorimento venne aiutato dalla richezza del sottosuolo dell'isola che fù piena di marmo, la materia prima di queste due arti. L'arte di scultura venne rappresentata a Naxos dalle due enormi e semilavorate statue dei Kouri, dal Kouros di Melanes e dal Kouros di Apollo. La ricerca archeologica scoprì due tempi importanti degli anni arcaici, il tempio di Yrion al sud di Chora e il tempio di Gyroula sul posto di Livadi vicino il villaggio di Sagri. Nello stesso periodo (6° secolo a.C.) appartiene il grande tempio di Apollo (Portara), sull'isola di Palatia, sul lato del porto. Il490 a.C. Naxos fù distruta dai Persiani.
Epoca classica (480- 323 a.C.). Dopo la sconfitta dei Persani Naxos diventò membro dell'alleanza Ateniese.
Età Ellenistica (323-41 a.C.) In quel periodo appartiene il monumento di “Pirgos di Cheimarrou” vicino al villaggio di Filoti. Un'altra torre è il “Palaiopyrgos di Plakas” che si trova tra il villaggio di Tripodes e la spiaggia di Plakas.
Età Romana (41-330 d. C.). Il 41 d.C. Naxos divenne provincia Romana e luogho di esilio.
Epoca Bizantina (330-1207 d. C.). L'arrivo del Cristianesimo 4° secolo d.C. trovò Naxos in oscurita. Molte chiese sono state costruite sopra i tempi antichi. Oggi, il numero delle chiese a Naxos supera il 500. La chiesa di Panagia Drosiani vicino al villaggio di Moni e Panagia Protothroni al villaggio di Chalki, sono due monumenti molto importanti del periodo Paleocristiano. Negli anni Bizantini appartiene il monastero fortificato di Fidoti Christou, fuori dal villaggio di Danakos. Nello stesso periodo i Bizantini costruissero molti castelli. Uno dei quelli è il castello di Kalogeros, costruito sulla cima di una bassa ma impervia montagna sul lato nord dell'isola. All'ovest del bacino di Tragea, si trova il Apano Kostro. A Naxos centrale si trova il castello di Apalirio, costruito sulla cima della montagna. Su le falde di questa montagna si trovava la capitale Bizantina di Naxos.
Impero Veneziano (1207 – 1537 d.C.) Il 1207 Marco Saudo, sbarcò con i suoi uomini salla baia di Agiassos e dopo un'assedio, occupò l'isola. Successivamente occupò 18 isole del mar Egeo, fondò il Ducato di Egeo con sede a Naxos e impose il Feudalismo. Spostò la capitale dal castello di Apalirio a posto dove sta oggi la Chora. Sulla collina che è la naturale acropolis di Naxos, Sanudo costruì il castello di Chora usando come materiali le pietre della rovinata città antica. I nobili costruirono le loro torri come abitazioni estive o per protezione dai pirati. Torri posteriori (17° secolo) sono quello si Agias (rovinato ultimamente da un incendio) sulle coste nord di Naxos e quello di Monastiri di Panagias Ypsiloteras, fuori dal villaggio di Galini.
Periodo della dominazione Turca (1537-1829 d. C.) Naxos rimase sotto l occupazione Turca fino il 1829 e dopo venne unita con lo stato Greco.
Storia moderna. Monumento della storia moderna dell'isola sono le miniere di smeriglio sulla parte est dell'isola verso Liona. I prodotti agricoli e l'allevamento del bestiame danno a Naxos l'autosufficienza. Il turismo viene sviluppato dopo il 1980.