Il mito classico vuole i Giganti, uccisi da Ercole sulla battaglia omonima, ad essere sepolti sotto la superficie rocciosa di Mykonos. Il nome dell'isola dichiara “un mucchio di pietre” o “un paese roccioso”. Secondo una tradizione posteriore, l'isola si collega con l'eroe Mykonos, figlio del re di Dilos, Anios.
Cari e Fenici furono i primi ad abitare Mykonos. Gli Iones però furono quelli che dominarono l'isola 1000 anni a.C. Sull'isola esisterono due città. Alcuni fonti dichiarano le breve presenza su Mykonos di Datis e Artafernis il 490 a.C. e supongono che l'isola fosse povera. A Mykonos fù un luogo di culto dove venissero amirati gli dei Dionisos, Demetra, Apollo, Poseidon ed Ercole.
I conquistatori Romani dettero il loro posto ai Bizantini che nel settimo secolo a.C. costruirono alcune opere di fortificazione per proteggere l'isola dagli Arabi pirati e tenerli lontani da Mykonos.
Dopo il risultato triste della quarta crocciata il 1204, l'isola venne ceduta agli Andrea e Eremia Ghizi. Il 1292 Mykonos fù saccheggiata dai Catalani che dopo la lasciassero di nuovo ai Veneziani. Da quel momento e poi diventò una conquista territoriale unita dei Veneziani insieme a Tinos. Durante questo periodo venne distruta da Barbarossa, ammiraglio di Solimano il magnifico.
Nel periodo dell'occupazione Ottomana, Mykonos sta sotto la giurisdizione del Capoudan pascià (capo della flotta Ottomana) ed è quasi direzionalmente autonoma in base del sistema dell'epoca. Avesse quindi, il voevoda e il commissario che cercassero di mantere equivalenti distanze dai Turchi e dai Veneziani.
Nel periodo sucessivo, la popolazione fù tra 2000 a 5000 persone, come media. Nella fine del diciottesimo e nell'inizio del dicianovesimo secolo aumentò per la migrazione degli abitanti provenienti da Creta e le altre isole vicine come Naxos, Folegandros, Sikinos, Kimolos et.c. per diminuire di nuovo per la fame e le epidemie che colpirono l'isola come conseguenze di continue guerre. Mykonos, fù una fermata importante per l'approvigionamento delle navi mercantili dall'estero. Gli abitanti dell'isola si occuparono in quel periodo del commercio e le attività marinare avendo lasciato nel passato alcune attività pirata.
Nel periodo della rivoluzione del 1821, gli abitanti di Mykonos guidati da Manto Mavrogenous (figlia di una famiglia aristocratica e cresciuta con le idee di Illuminismo), renspisero l'attaco della flotta Turca (1822) e parteciparono nella lotta per la liberazione.
Dopo la costituzione dello Stato Greco e per molto tempo, Mykonos avesse una forte classe borghese che coltivava raporti col la Russia del sud, l'Italia, la Francia, l'Alexandreia, il Smirne, il Costantinopoli e il Syros.
La dominazione totale della tecnologia del vapore alla fine del dicianovesimo secolo insieme alla costruzione dello stretto di Korinthos (1904) frenarono lo sviluppo di Mykonos e molti dei suoi abitanti partirono, verso la Russia (prima della seconda guerra mondiale) e verso l'America, in ricerca di una vita migliore. Alcuni migrarono nei centri urbani della Grecia, come quelli di Pireo e di Atene.
Gli scavi archeologici cominciati a Dilos il 1873 dalla Scuola Archeologica Francese, stabilissero nella coscienza degli stranieri e dei greci (élite) Mykonos come destinazione da visitare. Già dal 1930 molte persone famose visitassero l'isola e scoprissero insieme ai siti archeologici di Dilos, le sue bellezze rare. L'intenso sviluppo dell'industria turistica al sud dell'Europa dopoguerra, porta Mykonos, con il lavoro dei suoi abitanti e il loro spirito imprenditoriale, ad aspirare una posizione importante sul mercato turistico mondiale.