Selon le mythe classique, les Géants qui ont été exterminés par Hercules pendant la Gigantomachie sont enterrés sous les formations rocheuses imposantes de Mykonos. Probablement, son nom indique la pile des roches ou le lieu rocheux. Selon une tradition plus moderne, l'île est associée avec l'héro "Mykonos", le fils du roi de Délos, Anios.
Les Cariens et les Phéniciens ont été les premiers résidents de Mykonos, mais les Ioniens se sont installés et ils ont dominé ce lieu en 1000 avant Jésus-Christ. Il est mentionné que l'île consistait en deux villes, qu'Artapherne et Datis se sont arrêtés ici en 490 et que probablement l'île était pauvre. Les dieux qui y étaient adorés étaient Dionysos, surtout, Déméter, Zeus, Apollon, Poséidon et Hercules.
Les conquérants Byzantins ont succédé les Romans et au 7ème siècle ils ont construit des fortifications contre les pirates Arabes. Mykonos a été sous leur occupation jusqu'au 12ème siècle.
Après les résultats mauvais de la 4ème Croisade en 1204, elle est concédée à Andreas et Ieremias Gkyzis. En 1929, elle est attaquée par les Catalans et ensuite elle passe sous le contrôle direct des Vénitiens une nouvelle fois. Depuis ce moment-là, elle a été un territoire vénitien lié avec Tinos. Pendant la suzeraineté des Vénitiens, elle a été détruite par Barberousse qui était un amiral de Soliman le Magnifique.
Pendant la période de l'occupation des Ottomans, elle relève du pouvoir du chef de la flotte Ottomane, du Kapudan-Pacha et elle s'autogouverne quasiment, selon le système de l'époque en ayant un voïvode et des commissaires qui essayaient, cependant, de garder ces distances des Turcs autant que des Vénitiens.
La population de Mykonos qui variait, conventionnellement, entre 2.000 et 5.000 personnes est augmentée jusqu' à la fin du 18ème siècle- début du 19ème siècle, par étrangers de la Crète ou des îles plus proches comme Naxos, Folégandros, Sikinos, Kimolos, etc., après de la famine et des épidémies qui étaient les conséquences des guerres fréquentes. L'île a été un lieu de ravitaillement très important pour les navires marchands étrangers. Les résidents de Mykonos, pendant la même période, se sont progressivement occupés de la marine et du commerce avec succès.
Pendant la Révolution Grecque de 1821, les résidents de Mykonos incités par Manto Mavrogenous (un rejeton d'une famille noble qui a été élevée en Trieste avec les idées du Siècle des Lumières) repoussent l'attaque de la flotte turque(1822) et participent à la lutte pour la Libération.
Au moment de la création de l'état Hellénique, Mykonos a une classe bourgeoise ainsi qu'une classe de la moyenne bourgeoisie très signifiante et développe ses relations avec la Russie, l'Italie, la France, Alexandrie, Smyrne, Constantinople et Syros.
La dominance complète de la technologie de vapeur vers la fin du 19ème siècle et l'ouverture du Canal de Corinthe (1904) lui ont privé sa force et beaucoup de ses résidents allaient à l'étranger pour chercher une vie meilleure (à la Russie jusqu'au Première Guerre Mondiale, et aux États-Unis ensuite) ou aux nouveaux centres urbaines de la Grèce (le Pirée, Athènes).
Les excavations archéologiques, qui ont commencé du 1873 à Délos par l'École Archéologique d'Athènes, ont créé la mentalité d'une classe noble grecque ainsi qu'étrangère qui avait l'aisance et l'envie de voyager à travers la Grèce. Du 1930, beaucoup de célébrités visitaient l'île et découvraient ses caractéristiques avec les antiquités impressionnantes de Délos. Mykonos assimile bien la nouvelle réalité qui a été causée par le développement rapide de l'industrie de tourisme et avec l'application au travail, le style unique et la conception des affaires de ses résidents, elle revendique une position enviable au marché touristique international.