El mito clásico dice que bajo las imponentes rocosas formaciones de Mykonos están enterrados los gígantas, que Herakles exterminó durante la Gigantomaquia. Su nombre parece que declara “el montón de piedras” ó el “lugar rocoso”. En una versión posterior la isla se conecta con el héroe Mykono, hijo del rey de Dilos Aniou.
Kares y fenicios eran los primeros habitantes de la isla de Mykonos, pero los Jonios fueron los que se establecieron y dominaron la zona alrededor el 1000 a.C. Se menciona que en la isla existían dos ciudades, que estacionaron aquí Datis y Artafernis en 490 a.C. y que probablemente era una isla pobre. Aquí adoraban más a Dioniso, Ceres, Zeus, Apolo, Poseidón y Herakles.
Los romanos conquistadores dieron su lugar a los bizantinos, los que en el siglo VII construyeron en la isla obras defensivas contra los piratas arabas, pues mantenieron su dominio hasta el siglo XII.
Tras el triste final de la cuarta Cruzada en 1204, la isla se otorga a Andreas y Jeremias Gizi. En 1292 fue saqueada por los catalanos y se conceda nuevamente al control directo de los venecianos. Desde entonces, constituyó una sola conquista territorial veneciana junto a Tinos. Durante el periodo del dominio de los venecianos, fue destruida por Barbarosa, almirante de Solimán el Magnífico.
En la época de los otomanos se otorga a la jurisdicción del jefe del flote otomano kapoudan Pasa y casi se autonomiza según el sistema de la época, con los Voevodas y los Comisionados tratando de mantener la equidistancia entre Turcos y Venecianos.
La población de Mykonos que oscilaba, por regla general, en el periodo moderno, entre 2000 y 5000 personas fue reforzado hasta finales del siglo XVIII y principios del siglo XIX, por residentes extranjeros de Creta o las islas más cercanas Naxos, Folegandros, Sikinos, Kimolos etc despues de hambrunas y epidemias, consecuencias de las guerras constantes. La isla fue un punto de reabastecimiento importante para los buques mercantes extranjeros. Los habitantes de Mykonos al mismo tiempo, se comprometieron gradualmente con éxito al transporte marítimo y el comercio, despues de haberse dedicado a la piratería.
Durante la Revolución del 1821, los mykonios liderados por Manto Mavrogenous (provenida de una familia poderosa y noble y crecida en Tergeste con las ideas de la Ilustración), rechazan atacando a un destino de la flota turca (1822) y participan en la lucha de liberación.
Cuando se establece el estado griego moderno, Mykonos dispone de una clase ciudadana y burguesa dinámica, que cultiva sus bonos con el sur de Rusia, Italia, Francia, Alejandría, Esmirna, Constantinopla y la creciente Syros.
Pero la total prevalencia de la tecnología del vapor a finales del siglo XIX y la apertura del Canal de Corinto (1904) le quitaron su poder y muchos mykonios se fueron buscando un destino mejor, algunos al exterior (Rusia hasta la primera guerra mundial, después America) y otros a los nuevos centros urbanos del interior (Pireus Atenas).
Las excavaciones arqueológicas, que había iniciado desde el 1873 en Dilos la Escuela Arqueológica Francesa de Atenas, establecieron la zona en la conciencia de la elit extranjera y local que tenía la comodidad y el deseo a viajar a Grecia. Ya desde el 1930 varios famosos visitaban a la isla y descubrían junto a las impresionantes antiguedades de Dilos, sus raros elementos encantadores. Con el desarrollo de la industria del turismo en Europa meridional, posterior a la guerra, Mykonos asimila muy bien los nuevos datos y con la laboriosidad, el incomparable estilo y la cultura empresarial de sus habitantes, reclama uno de los más envidiables puestos en el mercado turístico internacional.