Kythnos recibió su nombre de Kythnos, jefe de los Driopes y primer residente de la isla. Otra versión dice que el nombre se basa en la ruta “kyth” que proviene del verbo Keytho (esconder) e insinua el escondite, el lugar donde alguien se esconde.
En el siglo XIII a.C. según Herodotos, los Driopas llegan a la isla, construyen muros ciclopeos y templos brillantes.
Los jonios fueron los siguientes habitantes de la isla. Kythnos participa con una trirreme en las guerras médicas y se une a la liga ateniense. Después la isla constituye parte del imperio romano y se incluye en el Asunto de Egeo por los bizantinos.
Durante la dominación veneciana, Kythnos se ocupa por Marko Sanoudo y se nombra “Thermia” (por las aguas calientes de la isla).
Permanece a la dominación de los venecianos después del saqueo de Barbarosa (1537), en cuanto en los tiempos de la guerra roso-turca se conquista por los rusos.
En el 1827 la isla se nombra Kythnos otra vez y participa en la lucha por la libertad contra los turcos. Durante los años del reinado de Otto era el lugar de exilio de los revolucionarios y los opositores políticos. En 1862, revolucionarios de Syros, con intención a liberar los presos opositores del rey, se enfrentaron con el ejercito del gobierno el la bahía de Agia Irini. El resultado de la confrontación fue la supresión de la rebelión con víctimas los rebeldes Leotsako, Moraitini, Scraveli.
En la actualidad los habitantes de la isla se dedican al turismo, sin haber abandonado sus actividades agrarias y otras. Ofrecen al visitante la perfecta combinación del bellisimo paisaje cíclada junto con sus playas claras, los productos locales (carne, productos lácteos, hortalizas) y el pescado fresco.