库福尼夏群岛自史前时代起就一直有人类定居。艾帕诺米罗伊的考古挖掘出土了早期基克拉泽斯文明的葬礼文物。其中最重要的一个文物是刻有星状铭文的盘状容器，如今陈列于纳索斯考古学博物馆中。东部海岸与南部也出土了希腊化和罗马时期的考古发现。邻近的克罗斯岛是基克拉泽斯文明（公元前三千至两千年）的重要中心，值得一访。
库福尼夏群岛随后的命运与基克拉泽斯大部分岛屿一样，曾遭受海盗频繁袭击。群岛的控制权历经威尼斯王朝和奥斯曼帝国两大时期之后，库福尼夏群岛被迫与玛尼或其它地区的海盗结盟，海岛们经常盘据在帕诺库福尼西和加托库福尼西之间的海峡。
十七世纪，威尼斯和土耳其人之间争夺海权的冲突达到高峰，库福尼夏群岛被推入更深的贫困之中。居民在饥寒交迫的困境之下，被迫吃岛上各种野生球茎植物，甚至包括放牧用的羽扇豆。
库福尼夏群岛在1821年独立革命中，伴随基克拉泽斯其它岛屿一起获得解放。