在古老神话之中，基亚岛因其充沛的水域与丰厚的植被而被称作海杜尔萨。依据传说描述，基亚岛上的森林原先由宁芙精灵居住着，但是她们最后遗弃了岛屿，导致天上最亮的星星天狼星的怒火，焚烧了海杜尔萨和其它基克拉泽斯群岛，让一切成为了荒芜之地。干燥的气候与贫瘠的地形迫使岛上居民转而寻求太阳神阿波罗与精灵昔兰尼的儿子忒薩利的半神阿瑞斯泰俄斯的协助。阿瑞斯泰俄斯的供品平息了众神的怒火，干旱灾情得以逐渐改善。从此之后，每当天狼星的大犬星座出现的时候，也是被称为梅尔特米亚（meltemia）北风吹拂群岛四十天的时候。
基亚岛以古代英雄科奥斯之名命名，科奥斯是太阳神阿波罗与另一位精灵罗德萨的儿子。传说中科奥斯在公元前十一世纪初就曾居住在基亚岛上。卡法拉遗址的考古证据表明，基亚岛自新石器时代开始就有人类居住。在阿伊亚依里尼半岛的维拉里村同样也曾发现过史前人类的居住痕迹。
从青铜时代至迈锡尼文明晚期，阿伊亚依里尼半岛上的人类聚居活动在历史上对早期爱琴海文明发展扮演着重要角色：公元前十六世纪中叶，位于克里特与迈锡尼之间的阿伊亚依里尼成为贸易与文化的重要中心。
古风时期，爱奥尼亚人的到来促进了城市的建立，诸如尤利斯、卡尔塔伊亚、克里苏斯、波伊沙等城市的发展及其经济文化的繁荣。基亚岛以其政治体系而闻名，亚里士多德曾在他的著作《政治学》中提及并给予盛赞。
古希腊七贤之一，且出生于基亚岛的法律制定者阿里斯提德以制定严厉的公示法规闻名。他所制定的一条法规”Keion to Nomimon”规定智力或体力劳动上无法对社会做出贡献的人必须就死。因此所有超过七十岁的人必须服下由毒芹或曼德拉草萃取的毒药自尽。这条法规在公元三世纪当人民逐渐改信基督教后被废止。
拜占庭帝国崛起后，基亚岛被归入古希腊教区并划入东罗马帝国的行政管辖内。岛上四大城市的自治权随着进入帝国统治而结束，尤利斯成为基亚岛上唯一的文化中心。
在威尼斯人统治之下，古尤利斯城堡加大防御，在查士丁与威尼斯王朝期间（1207至1566年），侵略基亚岛的拉丁统治者也不断更迭着。
基亚岛在威尼斯人统治期间一度更名为次亚岛。1537年，岛屿落入土耳其人手中，基亚岛随之在俄土战争中饱受战火摧残。
自公元1821年起义后，基亚岛积极参加希腊独立战争，并于1830年正式成为现代希腊共和国的行政州之一。