伊拉克利亚岛沿用了古称，也被称为阿拉特利亚，中世纪时被称为伊拉克利萨。重要的考古发现证明了伊拉克利亚岛从公元前三千两百年至一千年间的展蓬勃发，与此同时基克拉泽斯文明也达到了顶峰。这些考古文物目前在博物馆展出。
不过接下来的很长一段时间内，本岛处于荒废状态，居民为了逃离海盗袭击而纷纷迁移他方。从十八世纪后期至1826年间，岛上大部分地区土地贫瘠，只有少数土地被用于种植作物，或为阿摩尔戈斯岛上的Panayia Hozoviotissa修道院僧侣放牧牲畜，因为该岛被视为修道院的资产之一。
1826年，来自阿摩尔戈斯岛艾吉亚里村的移民纷纷在岛上组成了非法的小聚落。 1831年，修道院正式允许艾吉亚里移民定居岛上，给予他们为期十年的居留许可，并将岛上百分之五十产品作为抽成。