Ираклия, Араклия или Ираклица (в Средние века) хранит свое имя с древнейших времен. Значимые археологические находки, ныне экспонируемые в музеях, свидетельствуют о высоком развитии острова в период 3200-1000 гг. до н.э., когда процветала Кикладская цивилизация.
В истории Ираклии были также периоды, когда остров оставался полностью безлюдным из-за пиратских набегов. С конца 18 века и до 1826 г. основная часть острова не возделывалась, за исключением небольших полей, обеспечивавших потребности монахов из монастыря «Хозовиотиса» на Аморгосе, а также использовавшихся для выпаса их стад.
Известно, что Ираклия была частью собственности монастыря. Однако с 1826 г. начался незаконный захват земель острова жителями Аморгоса, в частности из города Эгиали, которые пытались возделывать прежде пустые участки. В 1831 г. монастырь официально разрешает жителям Эгиали использовать земли Ираклии и подписывает с ними договор, по которому люди могли в течение 10 лет пользоваться земельными наделами и распоряжаться половиной выращиваемой на них продукции.