以奥斯岛的历史与其它基克拉泽斯岛屿的历史相似。
以奥斯岛是众所周知的伟大诗人荷马的母亲克丽蔓茵的家乡。荷马在公元前八世纪完成了举世史诗奥德赛与伊利亚特。荷马的墓就位于岛上的普拉科多斯，据当地传说，他是在试图解决一位渔夫告知的谜题时死在岛上。
岛上的最早居住痕迹表明了来自小亚细亚沿岸的定居者对该岛有深远影响。该岛曾目击圣托里尼岛的米诺斯文明（公元前2000至1500年）因火山爆发而被毁灭的历史。多利亚人和爱奥尼亚人约在公元前1100年来到岛上，并将岛屿命名为现今之名。随后以奥斯岛参加了雅典同盟（或邦联）。十三世纪初，以奥斯岛被纳入威尼斯人统治；1397年，岛上的总督Marcus Crispus加强了霍拉防御工程与防御墙（卡斯特罗），其遗址至今仍清晰可见。
1537年，以奥斯岛落入土耳其人手中，岛上海港的天然掩蔽地形也让其得到「小马耳他」的戏称。土耳其统治期间，岛上人民的生活苦不堪言，饱受沉重课税与其它重刑之苦。在此期间，本岛也时常遭到海盗袭击。
Spyridon Valetas出生于岛上（1718年至1843年），他是革命组织Filike Etaireia的一员，在希腊独立战争中表现出色。 Valetas后来成为现代希腊首位教育部长。