「phelekgundari」在腓尼基语中意指布满岩石的大地，可能是福莱甘兹罗斯岛名的来源之一。就其它解释而言，岛名也可能来自岛上的首位居民福莱甘兹罗斯，他是克里特岛米诺斯王的儿子。在威尼斯统治期间，本岛的正式名称被改成「波丽坎兹罗斯」。
1204年君士坦丁堡沦陷后，威尼斯掌握了爱琴海的最高主宰权，威尼斯人和土耳其人竞相争夺岛上的控制权。
1715年，福莱甘兹罗斯岛落入土耳其人手中；1828年重回希腊怀抱。
在梅塔克萨斯的暴政之下，福莱甘兹罗斯岛变成了国内囚犯的流放地，而罗马人统治时也曾同样如此。