Το όνομα «Δονούσα» χρονολογείται από τους αρχαίους χρόνους.
Το νησί είχε κατοικηθεί από τα γεωμετρικά χρόνια και αυτό υποδηλώνεται από τα κατάλοιπα γεωμετρικών οικισμών που βρέθηκαν σε διάφορες περιοχές. Σύμφωνα με τη μυθολογία, η Δονούσα είναι το νησί στο οποίο έκρυψε ο Διόνυσος την Αριάδνη, ώστε να μη την βρει ο Θησέας.