据神话描述，阿纳菲岛（出自希腊语anadysi，上升之意）是遵照太阳神阿波罗的旨意，从爱琴海中上升而成以便为受到风暴袭击的阿尔戈船提供避风港。为感谢上天，阿尔戈船英雄们建造了Zoodohos Pigi修道院旁的阿波罗神庙，并以每年举办的Yakinthia庆典祭祀神明。
其它神话也认为阿纳菲岛是风神埃俄罗斯的家，他曾以顺风帮助奥德修斯顺利回家。岛上最初由腓尼基人定居；后期则为多利亚人，他们创立了阿纳菲岛上的城市。
公元前五世纪，阿纳菲岛加入雅典同盟（或称邦联）。中世纪时期，岛上成为纳索斯公国辖区，并由威尼斯人统治。然而，他们无法保护岛屿免于海盗袭击而迫使许多居民逃往克里特岛。1537年，阿纳菲岛被海盗巴巴罗萨掠夺一空，并落入奥斯曼帝国统治。本岛在1821年的希腊独立革命期间表现活跃，并于1832年正式成为现代希腊国家的一部分。
奥托王统治期间，他对阿纳菲岛享有美誉的建筑师相当赞赏，并立法将许多建筑师迁往雅典修建他的宫殿。建筑师们定居在雅典卫城脚下，并以阿纳菲岛的传统建筑风格建造自己的住房。该区现在就位于希腊首都的普拉卡旧城区，誉称“Anafiotika”，是雅典城公认的建筑瑰宝之一。